Di Indonesia terdapat bermacam-macam sumber bahan baku biodiesel, tetapi hanya beberapa yang punya potensi untuk dikembangkan sebagai bahan baku biodiesel karena alasan ekonomi, seperti minyak kelapa, minyak sawit dan minyak jarak. Saat ini, minyak sawit telah menjadi sumber utama biodiesel karena kapasitas produksinya telahmencapai 19 juta ton per tahun, dan hanya kurang lebih 25% untuk konsumsi dalam negeri. Kelebihan kapasitas produksi telah merangsang pengembangan pabrik biodiesel dengan bahan baku minyak sawit. Pabrik biodiesel telah mencapai kapasitas terpasang sekitar 3,3 juta ton per tahun pada tahun 2010. Pada beberapa test, biodiesel dengan bahan baku minyak sawit menunjukan dapat menggerakan mesin diesel sebaikmenggunakan minyak diesel. Sejak minyak sawit adalah minyak untuk makanan (edible oil) dan memanfaatkan tanah-tanah atau lahan-lahan subur maka hal ini akan menjadi masalah dikemudian hari. Oleh karena itu jarak pagar yang dikenal sebagai tanaman subtropic mungkin satu-satunya sumber minyak yang dapat digunakan sebagai bahanbaku biodiesel dimasa depan. Menurut beberapa peneliti, jarak pagar (Jatropha curcas L.) mempunyai beberapa keuntungan, seperti bukan untuk makanan (non edible), mengandung rendemen minyak biji yang tinggi (30-50%) dan produksi minyak per hektar cukup tinggi, dan tumbuh di marginal land, dll. Beberapa proyek memanfaatkan jarakpagar telah dikembangkan di Indonesia, salah satunya adalah Desa Mandiri Energi (energy sufficient villages).