Transformasi digital melalui implementasi Rekam Medis Elektronik (RME) di Puskesmas Kota Batu, Kabupaten Bogor, yang semula bertujuan meningkatkan efisiensi pelayanan publik, justru memunculkan paradoks berupa bottleneck sistemik dalam alur pelayanan klinis. Penelitian ini bertujuan menguji korelasi antara waktu tunggu sebagai indikator bottleneck dengan kepuasan pasien serta akurasi dan kelengkapan data rekam medis. Menggunakan pendekatan kuantitatif asosiatif korelasional dengan 379 responden (purposive/proportionate random sampling), data dikumpulkan melalui kuesioner Likert, observasi langsung, dan audit data RME periode Juli– Oktober 2025. Hasil menunjukkan korelasi negatif signifikan antara waktu tunggu dengan kepuasan pasien (Beta = −0,32; p < 0,01; R² = 0,21) dan antara waktu tunggu dengan akurasi data (r = −0,45; p < 0,05). Rata-rata durasi input RME mencapai 9,5 menit per pasien tanpa skrining awal, dengan puncak waktu tunggu 72 menit pada periode 08:31–09:30 WIB. Kondisi tekanan tinggi mendorong petugas melakukan plotting data yang mengancam integritas rekam medis. Penelitian menegaskan bahwa digitalisasi tanpa process re-engineering dan penyesuaian kapasitas SDM menjadikan teknologi sebagai beban administratif. Rekomendasi mencakup penyederhanaan antarmuka RME, demand management pada jam puncak, dan pengembangan sistem self-service skrining terintegrasi.