Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
9.372
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Jurnal Biologi Udayana Bioscience Bioeducation Journal Jurnal Ilmu Dasar AL KAUNIYAH Jurnal Biotek Medisiana Indonesia Althea Medical Journal Biota Biomedika BIO-SITE |BIOLOGI Sains Terapan Jurnal Penelitian dan Pembelajaran IPA Scientiae Educatia: Jurnal Pendidikan Sains Jurnal Penelitian Pendidikan IPA (JPPIPA) Jurnal Biologi Tropis EKSAKTA : Jurnal Penelitian dan Pembelajaran MIPA Indonesian Food Science and TechnologyJournal Jurnal Agrotek Tropika Bio-Lectura Eksakta : Berkala Ilmiah Bidang MIPA Jurnal Ilmu Kefarmasian Indonesia AL-ULUM: JURNAL SAINS DAN TEKNOLOGI Atrium Pendidikan Biologi Serambi Biologi Majalah Kesehatan Pharmamedika Pelita Eksakta Abdi: Jurnal Pengabdian dan Pemberdayaan Masyarakat Sainstek : Jurnal Sains dan Teknologi Jurnal Biogenerasi IJECA (International Journal of Education and Curriculum Application) Suluah Bendang: Jurnal Ilmiah Pengabdian Kepada Masyarakat Jurnal Biosense Halal Research Journal TROPICAL GENETICS MASALIQ: Jurnal Pendidikan dan Sains Tropical Genetics Jurnal Serambi Biologi
Dwi Hilda Putri
Universitas Negeri Padang
Religion Agriculture, Biological Sciences & Forestry Humanities Astronomy Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Civil Engineering, Building, Construction & Architecture Computer Science & IT Control & Systems Engineering Decision Sciences, Operations Research & Management Education Energy Engineering Environmental Science Health Professions Immunology & microbiology Languange, Linguistic, Communication & Media Materials Science & Nanotechnology Mathematics Mechanical Engineering Medicine & Pharmacology Physics Public Health Social Sciences Veterinary Other

Published : 96 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 2 Documents
Search
Journal : Jurnal Biotek Medisiana Indonesia

 1 
Analisis Struktur Protein Selubung Virus Dengue Serotipe 3 Pada Genotipe Yang Sama Dengan Clade Berbeda Herman, Reni; Putri, Dwi Hilda
Jurnal Biotek Medisiana Indonesia Vol 4, No 2 (2015)
Publisher : Puslitbang Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22435/jbmi.v4i2.5125.43-50

Abstract

Abstract Dengue viruses (DENV) consist of 4 serotypes and each of serotype is divided in several genotypes based on the envelope gene. To find the different in protein structure of  DENV-3 circulated in Surabaya, we conduct analysis of  two sequences of DENV-3 genotype 1 in different clade.  Information of nucleotide and amino acid were searched from the GeneBank, homology were analysed using BLAST in NCBI. The different of amino acid of 2 sequences and protein structure were analysed using software Bioedit vs 7.2.5 and PyMol respectively. We found six amino acid residu that are different in these sequences.   Three of amino acids of  the different sequences have significant different similarities. These amino acid residu are 140, 340 and 362.  Based on physic-chemistry properties, these amino acids are more hydrophobic in sequence of clade 2. 3D prediction of protein structure show that residu 140, 340, 362 and 386 have different surface protein. Physic-chemistry properties and charge of amino acid causing different 3D structure of DENV-3 envelope protein. Key words: Dengue virus, Envelope Gene,Pprotein Structure Abstrak Virus dengue (DENV) terdiri dari 4 serotipe. Masing-masing serotipe masih dibagi lagi menjadi beberapa genotipe berdasarkan gen selubung virus, karena variasi genetik terbanyak ada pada gen ini. Analisis ini membandingkan dua runutan nukleotida dan asam amino DENV-3 dengan genotipe sama namun pada clade yang berbeda, yang bersirkulasi di Surabaya. Informasi sekuen gen maupun protein diperoleh melalui situs GenBank (NCBI), analisis homologi menggunakan situs yang sama. Perbedaan  residu asam amino diidentifikasi menggunakan software Bioedit vs 7.2.5, sifat variasi asam amino diprediksi menggunakan program pada situs ExPASy. Kemiripan asam amino dinilai dengan menggunakan scoring Blosum dan prediksi struktur permukaan protein selubung ditentukan menggunakan perangkat lunak PyMOL. Perbedaan susunan asam amino kedua sekuen yang dianalisis terdapat pada 6 residu dengan posisi sekuen pada clade 1 dan 2 berturut-turut sebagai berikut, S140I, V141I, E340G, P362L, K386R, dan I412L. Tiga dari residu ini memiliki perbedaan yang cukup bermakna, yaitu pada 140, 340 dan 362. Sekuen pada clade 2 ketiga residu ini lebih bersifat non polar dan hirofobik dibandingkan pada sekuen clade 1. Sementara prediksi 3D memperlihatkan adanya perbedaan struktur permukaan pada residu140, 340, 362  dan 386. Perbedaan sifat maupun muatan asam amino memberikan perbedaan  struktur 3D protein selubung DENV-3.   Kata sandi: DENV-3, Protein Selubung, Struktur Protein  
Analisis Struktur Protein Selubung Virus Dengue Serotipe 3 Pada Genotipe Yang Sama Dengan Clade Berbeda Herman, Reni; Putri, Dwi Hilda
Jurnal Biotek Medisiana Indonesia Vol 4, No 2 (2015)
Publisher : Puslitbang Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22435/jbmi.v4i2.5132.43-50

Abstract

Abstract Dengue viruses (DENV) consist of 4 serotypes and each of serotype is divided in several genotypes based on the envelope gene. To find the different in protein structure of  DENV-3 circulated in Surabaya, we conduct analysis of  two sequences of DENV-3 genotype 1 in different clade.  Information of nucleotide and amino acid were searched from the GeneBank, homology were analysed using BLAST in NCBI. The different of amino acid of 2 sequences and protein structure were analysed using software Bioedit vs 7.2.5 and PyMol respectively. We found six amino acid residu that are different in these sequences.   Three of amino acids of  the different sequences have significant different similarities. These amino acid residu are 140, 340 and 362.  Based on physic-chemistry properties, these amino acids are more hydrophobic in sequence of clade 2. 3D prediction of protein structure show that residu 140, 340, 362 and 386 have different surface protein. Physic-chemistry properties and charge of amino acid causing different 3D structure of DENV-3 envelope protein. Key words: Dengue virus, Envelope Gene,Pprotein Structure Abstrak Virus dengue (DENV) terdiri dari 4 serotipe. Masing-masing serotipe masih dibagi lagi menjadi beberapa genotipe berdasarkan gen selubung virus, karena variasi genetik terbanyak ada pada gen ini. Analisis ini membandingkan dua runutan nukleotida dan asam amino DENV-3 dengan genotipe sama namun pada clade yang berbeda, yang bersirkulasi di Surabaya. Informasi sekuen gen maupun protein diperoleh melalui situs GenBank (NCBI), analisis homologi menggunakan situs yang sama. Perbedaan  residu asam amino diidentifikasi menggunakan software Bioedit vs 7.2.5, sifat variasi asam amino diprediksi menggunakan program pada situs ExPASy. Kemiripan asam amino dinilai dengan menggunakan scoring Blosum dan prediksi struktur permukaan protein selubung ditentukan menggunakan perangkat lunak PyMOL. Perbedaan susunan asam amino kedua sekuen yang dianalisis terdapat pada 6 residu dengan posisi sekuen pada clade 1 dan 2 berturut-turut sebagai berikut, S140I, V141I, E340G, P362L, K386R, dan I412L. Tiga dari residu ini memiliki perbedaan yang cukup bermakna, yaitu pada 140, 340 dan 362. Sekuen pada clade 2 ketiga residu ini lebih bersifat non polar dan hirofobik dibandingkan pada sekuen clade 1. Sementara prediksi 3D memperlihatkan adanya perbedaan struktur permukaan pada residu140, 340, 362  dan 386. Perbedaan sifat maupun muatan asam amino memberikan perbedaan  struktur 3D protein selubung DENV-3. Kata sandi: DENV-3, Protein Selubung, Struktur Protein  
Co-Authors Abdul Razak Abdul Razak Abdul Razak Abdul Razak Achyar, Afifatul AERMA HASTUTY Afionita, Santi Ahmad Wibisana, Ahmad Alfatimah Azzahra, Balkis Amanda, Nifsa Riski Andri Damayanti, Ndaru Annisa Irna Putri Annisa Khaira Arlina, Sistika Armen Armen Atifah, Yusni Aulia Yunita Aulia, Ony Nattasha Aura Iga Maharani Az-Zahra, Fauziah Azwir Anhar Cania Dewi, Rahmawitra Cindy Pramila Darussyamsu, Rahmawati Dezi Handayani Dezi Handayani dina vaniana Dinda Sahara Djoelvinanda, Habibullah Edwin Edwin Efliani Efliani Eka Vidya Putra Elsa Alfiyanti Elsa Badriyya Elsa Yuniarti Fahra Fahra Fahra, Fahra Fatma Rahmadhani Febri Doni Febrina Anggiastanti Feby Yeriska Fevria, Resti Fira Safitri Fransisco, Sandi Ghiffari, Muhammad Gustina Indriati Hartati Hartati Heffi Alberida Helsa Rahmatika Hengki Saputra Herman, Reni Herman, Reni Husnul Khatimah Intan Febriani IRDAWATI Irdawati Irdawati Irdawati Irdawati Irdawati Irdawati Irdawati Irdawati Irma Lailani Eka Putri Irma Leilani Eka Putri Irma Leilani Eka Putri Irvan Faizal Jamhari Jamhari Jannah Koftiah Jihan Rezi Okanti Kardiman, Reki Karlini Oktarina Larasati Arum Utami Linda Advinda Lufri Lufri Mades Fifendy Mahjani Mahjani Maiyusri Eka Putri Mantoviana, Tiffany Marissa Angelina Miftahul Jannah Miftahul Rahmi Moca Faulina putri Monhartini, Monhartini Moralita Chatri Muhyiatul Fadilah Muhyiatul Fadilah Mukhtar Mukhtar Mulia Mulia Mulia mutia anika Mutia Anika N. Sri Hartati, N. Sri Nabilah, Rezi Nada Nafion Nadia Nisa Afifah Nur Ayu Ramadanti Nur Helmi Nur Shofiatun Nisa Nur Vaizi Nurfadillatun Nisa Wijaya Nurfatihah Z, Zahara Nurhelmi Nurhelmi Nurul Pratiwi Nurul Rahmi Pratama, Chelsylia Dara Prima, Rika Putri Rachma Auliya Putri, Cici Adelia Putri, Irma Leilani Eka Putri, Isna Aryunita Putri Putri, Rani Dwi Suci Putri, Santi Diana Quratul Akyuni Rachmayati, Rike Rahmadhani Fitri Rahmat Afif Rahmatul Huda Asra Rahmawati Darussyamsu Rahmawita Rahmawita Rahmawita Rahmawita Rahmi, Elva Ramadanti, Nur Ayu Ramadhan Sumarmin Ramadhan Sumarmin Ramadhan Sumarmin Rani Dwi Suci Hd Putri Ratih Rahayu Relsas Yogica, Relsas Resti Desmayanti Rezi Nabilah Rhavy Ferdyan Rhini Febrianti Rinti Mutiara Sari Riri Apriyanti Riri Apriyanti S. Syamsurizal safitri, fira Salmi Halen Salsabilla, Vishtari Samsuriani Siregar Santosa, Tomi Apra Sari, Rinti Mutiara Satria, Rijal Selaras, Ganda Hijrah Shinta Sari Maria Silviana Okwisan Sirwati, Fadila Sisca Alicia Farma Sisri Yandila Siti Aisyah Siti Helmyati Sity Sarroh Sri Okta Handayani Suhaimi . Sulistiani Sulistiani, Sulistiani Syakirah binti Samsudin Syifa Kamila Namidya Tomi Apra Santosa Tomi Apra Santosa Santosa Valofi, Nagra Aulia Vauzia, Vauzia Vestimarta, Aldi Wahyuda Violita Violita Violita Violita Violita Viona, Alda Wahyuni Wahyuni Wahyuni, Resma Widya Ruchi Wirda Taufik Y Yusrizal Yatnita Parama Cita Yolanda Ruhul Azomi Yosi Laila Rahmi Yulita, Nelfi Yuni Ahda Yuni Ahda Yuni Ahda Yuni Ahda Yusrizal Yusrizal Yusrizal Yusrizal Yusrizal Yusrizal Zakri, Dwika Febriana Zuhratul Mardiyah Amir Amir Zulyusri Zulyusri Zulzusri, Zulzusri