Claim Missing Document
Check
Articles

Found 5 Documents
Search
Journal : Jurnal Ilmiah Sains

IDENTIFICATION OF POTENTIAL DIESEL OIL-DEGRADING BACTERIA ISOLATED FROM MANADO SEA PORT BASED ON 16S rRNA GENE Olivia H Abram; Trina E Tallei; Edwin de Queljoe; Beivy J Kolondam
JURNAL ILMIAH SAINS Volume 14 Nomor 2, Oktober 2014
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (289.928 KB) | DOI: 10.35799/jis.14.2.2014.5932

Abstract

ABSTRACT  Petroleum contamination and its derivate in ecosystem are considered as environmental threat all over the world. Some microorganisms exhibit potential to degrade hydrocarbon in contaminated environments. This study aims at identifying potential diesel oil-degrading bacteria grown on artificial media. Bacteria isolated from Manado Sea port were grown in nutrient agar containing artificial diesel oil plus salt water and diesel oil only, respectively. The growing bacteria were isolated and each of them was grown separately to obtain pure isolate. Three bacterial isolates namely AO2, OA3 and OA4 were identified using 16S rRNA gene as Pseudomonas aeroginosa, Klebsiella oxytoca, and Citrobacter sp, respectively. Keywords: diesel oil, diesel oil-degrading bacteria, Manado Sea Port, 16S rRNA gene IDENTIFIKASI BAKTERI YANG BERPOTENSI SEBAGAI PENDEGRADASI MINYAK DIESEL DI ISOLASI DARI PELABUHAN LAUT MANADO   ABSTRAK   Kontaminasi minyak bumi dan turunannya dalam ekosistem dianggap sebagai ancaman lingkungan di seluruh dunia. Beberapa mikroorganisme menunjukkan potensi yang dapat menurunkan hidrokarbon dalam lingkungan yang terkontaminasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi bakteri yang berpotensi sebagai pendegradasi minyak yang tumbuh pada media buatan. Bakteri diisolasi dari pelabuhan laut Manado dan ditumbuhkan dalam media NA yang mengandung minyak diesel dengan penambahan air garam buatan dan minyak diesel tanpa air garam buatan. Bakteri yang tumbuh diisolasi dan masing-masing ditanam secara terpisah untuk mendapatkan isolat murni. Tiga isolat bakteri yaitu AO2, AO3 dan AO4 yang telah diidentifikasi menggunakan 16S rRNA gen secara berturut-turut adalah  Pseudomonas aeroginosa, Klebsiella oxytoca, dan Citrobacter sp. Kata kunci: minyak diesel, bakteri pendegradasi minyak diesel, Pelabuhan Laut Manado, gen 16S rRNA
KETERKAITAN PROTEIN YANG MENGANDUNG THIOESTER (TEP) DENGAN IMUNITAS DARI NYAMUK ANOPHELES TERHADAP PLASMODIUM Presticilla D Irawan; Beivy J Kolondam
JURNAL ILMIAH SAINS Volume 16 Nomor 1, April 2016
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (326.312 KB) | DOI: 10.35799/jis.16.1.2016.12151

Abstract

KETERKAITAN PROTEIN YANG MENGANDUNG THIOESTER (TEP) DENGAN IMUNITAS DARI NYAMUK ANOPHELES TERHADAP PLASMODIUM ABSTRAK Protein thioester (TEP) merupakan promotor terjadinya fagositosis bakteri Gram positif dan Gram negatif dalam sistem imun serangga. Salah satu TEP, yaitu TEP1 pada nyamuk Anopheles berfungsi sebagai faktor komplemen yang membunuh Plasmodium. TEP1 nyamuk disintesis pada hemosit dan disekresikan dari hemolimfa. Hubungan TEP1 dengan protein dan enzim lain dapat menghalangi perkembangan ookista dan ookinet pada lambung nyamuk betina. TEP1 nyamuk terdiri dari dua alel yaitu alel R (refractory/resisten) dan alel S (susceptible/rentan). Efektivitas kematian ookinet pada nyamuk TEP-S hanya 80% dan pada nyamuk TEP-R terjadi 100%. Respon imun nyamuk beralel R efektif mematikan Plasmodium, namun nyamuk beralel S mendominasi populasi. Kata-kata kunci: TEP, Anopheles, plasmodium, immunitas, malaria CONNECTION OF THIOESTER PROTEIN (TEP) AND IMMUNITY OF ANOPHELES MOSQUITO TO PLASMODIUM ABSTRACT Protein thioester (TEP) is the promotor of phagocytosis for Gram Posistive and Gram negative bacteria in insects immune system. One of the TEPs, the TEP1 are acting as complement factor to eliminate Plasmodium. TEP1 is syntetized in hemocyte and secreted from hemolymph. The connection of TEP1 with other proteins and enzymes are able to inhibit the oocyst and ookinete in the gastric of female mosquitos. The TEP is consist of two alleles; The R (refractory) and the S (susceptible). The death of ookinete in TEP-S and TEP-R mosquitos are 80% and 100%, respectively. Immune respond of mosquitos with R-allele are effective to kill Plasmodium but the S-allele are dominant in the population. Kata-kata kunci: TEP, Anopheles, Plasmodium, immunity, malaria
ANALISIS SEKUENS DAN FILOGENETIK BEBERAPA TUMBUHAN Syzygium (MYRTACEAE) DI SULAWESI UTARA BERDASARKAN GEN matK Presticilla D Irawan; Trina E Tallei; Beivy J Kolondam
JURNAL ILMIAH SAINS Volume 16 Nomor 2, Oktober 2016
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (386.412 KB) | DOI: 10.35799/jis.16.2.2016.14022

Abstract

Syzygium (Myrtaceae) merupakan tumbuhan yang memiliki banyak manfaat di bidang ekonomi dan kesehatan. Informasi dan publikasi mengenai klasifikasi tumbuhan Syzygium masih sedikit. Pengelompokkan beberapa jenis tumbuhan dalam genus ini masih ditemui masalah, antara lain tumpang tindihnya nama Syzygium dengan Eugenia dan beberapa tumbuhan belum diketahui posisinya dalam klasifikasi. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis variasi sekuens gen matK dan mengkonstruksi pohon filogenetik pada beberapa tumbuhan Syzygium di Sulawesi Utara, yaitu pakoba, jamblang dan bombongan. Analisis variasi sekuens menunjukkan adanya perbedaan satu nukleotida antara tumbuhan pakoba dan jamblang, serta perbedaan 5-6 nukleotida antara bombongan dengan jamblang dan pakoba. Selain itu, variasi juga ditunjukan antara sekuens sampel tumbuhan Syzygium dengan sekuens kerabat yang diperoleh dari basis data GenBank yaitu adanya perbedaan 2-3 nukleotida dengan spesies kerabat terdekat dan perbedaan 5-6 nukleotida dengan spesies kerabat terjauh. Hasil perhitungan jarak genetik menggunakan Kimura-2-parameter menunjukkan nilai jarak interspesies kecil, yaitu 0.000-0.011.Kata Kunci: Variasi Genetik, Gen matK, Syzygium, Sulawesi Utara.
INTERAKSI ANTARA MIKROBIOTA USUS DAN SISTEM KEKEBALAN TUBUH MANUSIA Fitri Elizabrth Br Hasibuan; Beivy Jonathan Kolondam
JURNAL ILMIAH SAINS Volume 17 Nomor 1, April 2017
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (586.343 KB) | DOI: 10.35799/jis.17.1.2017.15221

Abstract

INTERAKSI ANTARA MIKROBIOTA USUS DAN SISTEM KEKEBALAN TUBUH MANUSIA Fitri Elizabrth Br Hasibuan dan Beivy Jonathan Kolondam ABSTRAK Sejumlah besar mikrobiota yang menghuni sistem pencernaan manusia memiliki peran penting dengan sistem kekebalan tubuh. Mikrobiota ini melaksanakan fungsi penting untuk fisiologi inang. Dalam tubuh manusia terdapat sekitar 10-100 triliun mikrobiota. Jumlah mikrobioma pada manusia paling banyak terdapat di usus, yaitu sekitar 100 triliun sel-sel mikrobiota yang terdiri dari 1.000 spesies berbeda. Mikrobiota adalah seluruh mikroba yang hidup di tubuh manusia yang terdiri dari bakteri, archae, virus, dan jamur yang pada umumnya hidup di setiap bagian tubuh manusia seperi kulit, vagina, hidung dan mulut. Bakteri pada mikrobioma manusia memiliki peran pada imunitas, nutrisi, dan perkembangan manusia. Di sini ditinjau tentang interaksi antara koloni mikroba dan sistem kekebalan tubuh dan implikasi dari temuan ini bagi kesehatan manusia. Kata-kata kunci: mikrobiota usus, sistem kekebalan tubuh, interaksi, bakteria.   INTERACTION BETWEEN GUT MICROBIOTA AND THE HUMAN IMMUNE SYSTEM ABSTRACT Most of the gut microbiota has important role in human immune system. These microbiota conducts important function for host physiology. The microbiota in the human body can range around 10 to 100 billion in number which contained 1,000 different species. Microbiota are the whole microbes living in human body such as bacteria, archaea, virus, and fungi, located on the skin or inside the vagina, nose and mouth. Bacteria in human microbiome has important roles in nutrition, immunity, and human development. This article discussed about interaction of microbes and immune system along with the implication of the interaction for human health. Keywords: Gut microbiota, immune system, interaction, bacteria
Evaluasi Deteksi Berbasis PCR untuk Bakteri Bifidobacterium longum dalam Sampel Feses Bayi dari Kota Manado Beivy Jonathan Kolondam
JURNAL ILMIAH SAINS Volume 20 Nomor 1, April 2020
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (973.534 KB) | DOI: 10.35799/jis.20.1.2020.27702

Abstract

Bifidobakteria merupakan mikroflora yang umum hidup dalam usus manusia sejak bayi. Peran Bifidobacterium longum yang positif sebagai salah satu bakteri yang menunjang kesehatan inangnya membuat bakteri ini menjadi objek studi yang menarik. Salah satu instrumen dalam penelitian adalah adalah metode deteksi bakteri B. longum yang berbasis PCR (Polymerase Chain Reaction) gen 16S rRNA. Dengan mempertimbangkan bahwa perancangan primer untuk deteksi ini sudah lebih dari 20 tahun, penelitian ini bertujuan mengevaluasi hasil deteksi melalui PCR terhadap B. longum dalam feses bayi. Akurasi hasil dilihat melalui sekuensing terhadap hasil PCR sampel yang terdeteksi positif. Dua sampel feses bayi di Manado yang diperiksa menunjukkan hasil positif dan produk PCR tersebut dilakukan sekuensing. Panjang DNA yang nyata dari hasil deteksi ini yaitu 829 bp dan bukan 831 bp. Sekuens DNA kedua sampel ini identik satu sama lain. Hasil BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) mengonfirmasi kesamaan 100% (identik) dari kedua specimen dari Kota Manado dengan sekuens gen 16S rRNA specimen bakteri B. longum yang telah ada dalam GenBank.Kata-kata kunci: Bifidobacterium longum, Polymerase Chain Reaction, deteksi, feses, bayi. Evaluation of PCR-Based Detection for Bifidobacterium longum in Infant Fecal Samples from Manado City ABSTRACTBifidobacteria are common members of the gut microflora of humans since infant. The Bifidobacterium longum has positive roles and one of supportive bacteria to the host, which made interesting as a study object. One instrument in studying this bacterial species is the detection method based on PCR of 16S rRNA gene. In consideration of the design of primers for this detection method is already more than 20 years, this research aimed to evaluate the PCR-based detection of B. longum in infant feces. The accuracy of the method was evaluated from sequencing of DNA fragment from positive results. Two fecal samples in Manado City shown positive result were sent for sequencing. The actual length of DNA amplified by PCR was 829 bp, not 831 bp. The DNA sequence of both samples were identical to each other. The BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) result confirmed the similarity of both samples from Manado with 16S rRNA gene sequence of B. longum specimens in GenBank.Keywords: Bifidobacterium longum, Polymerase Chain Reaction, detection, feces, infant.