Artikel ini membahas pentingnya pengembangan metodologi penelitian pendidikan Islam yang holistik melalui integrasi antara epistemologi Islam yang berpijak pada wahyu, akal dan intuisi spiritual menawarkan dasar ontologis dan aksiologis yang khas, sementara pendekatan Barat menghadirkan sistematika ilmiah yang teruji dalam aspek validitas dan reliabilitas. Pendekatan holistik ini dimaksudkan untuk menjawab keterbatasan metodologi konvensional yang kerap terlepas dari dimensi nilai dan spiritual. Dengan menggunakan metode studi pustaka kritis analisis komparatif, artikel ini menunjukkan bahwa integrasi dua tradisi ini tidak hanya memungkinkan, tetapi juga mendesak untuk dilakukan demi menghasilkan riset pendidikan islam yang kontekstual, transformatif, dan bernilai Ilahiyah. Hasil kajian ini merekomendasikan konstruksi metodologi yang tidak dikotomis, melainkan inklusif, yang menjembatani antara dimensi empirik-rasional dengan dimensi normatif-transendental. Dengan demikian, paradigma penelitian pendidikan Islam dapat berkembang secara utuh dan berakar pada nilai-nilai keislaman yang otentik namun tetap relevan dengan tantangan kontemporer.