Perencanaan pelabuhan peti kemas Depapre Jayapura adalah untuk menciptakan perkembanganekonomi yang lebih baik sebagai salah satu kawasan industry serta sistem transportasi yanglebih baik pula. Kawasan Maloy membutuhkan sebuah pelabuhan peti kemas yang dapatmenghubungkan kawasan ini ke tempat-tempat yang lainnya dengan membawa berbagai hasilsumber daya alam. Untuk membuat sebuah pelabuhan, hal pertama yang perlu dilakukan adalahmelakukan sejumlah survey.Survey-survey tersebut diantaranya adalah pemetaan wilayah, pasang surut,analisis angin dangelombang, serta penyelidikan tanah. Semua survey tersebut harus dilakukan untukperencanaan yang baik. Kapal yang akan berlabuh di pelabuhan ini adalah kapal peti kemas22.000 DWT sehingga membutuhkan panjang dermaga 260 m dan lebarnya 20 m. Dari hasilanalisis pasang surut dan gelombang, diperoleh elevasi deck dermaga adalah 5 m di ataspermukaan laut. Jenis dermaga yang digunakan adalah Wharf, yang berarti kedalaman air yangdibutuhkan berada jauh dari garis pantai. Dermaga ini menggunakan beton bertulang untukstruktru utamanya. Untuk pondasi, dermaga menggunakan tiang pancang tipe “ASTM A252Spiral Welded Pipe”. Dimensi tiang pancang yang digunakan yaitu; 1000 cm, 350 cm, 175 cm.Jenis fender yang digunakan utnuk dermaga adalah fender karet “SCN 1000” yang dapatmempertahankan 48 t.m energy dan bollard yang digunakan adalah bollard berkapasitas 100ton.