Ditengah arus globalasisasi seperti saat ini, diperlukan adanya format kelembagaan yang kokoh dari sisi ideologi, moralitas dan kuat dalam mengembangkan sains dan teknologi untuk kemajuan peradaban Islam. Format kelembagaan perguruan tinggi itu adalah “Perguruan Tinggi Pesantren.” Ada beberapa alasan dalam memformulasi perguruan tinggi pesantren itu: Pertama, jumlah peserta didik usia 13-24 tahun yang berasal dari pedesaan cukup banyak, sementara jumlah lembaga pendidikan tinggi belum cukup memadai. Kedua, keinginan generasi muda pedesaan untuk memperoleh pendidikan tinggi semakin kuat, namun kemampuan ekonominya untuk pembiayaan pendidikan terbatas, sementara disisi lain, pesantren dapat mengelola pembiayaan pendidikan secara lebih efesien. Ketiga, dosen-dosen yang dibutuhkan dalam berbagai studi 5-10 tahun ke depan semakin mudah diperoleh, karena lulusan S.2 dan S.3 PTN/PTS dan PTAIN/STAIN/UIN semakin meningkat dan memerlukan pengembangan diri dan apalikasi keilmuannya pada masyarakat.