Bencana banjir merupakan suatu ancaman pada DAS Rejoso yang dapat menghambat kegiatan masyarakat dan dapat menimbulkan kerugian. Untuk menanggulangi banjir yang terjadi setiap tahun, diperlukan pengelompokan daerah rawan banjir dengan memanfaatkan Sistem Informasi Geografis (SIG) menggunakan metode scoring dan pembobotan. Terdapat 6 parameter banjir yang digunakan, yaitu curah hujan, kemiringan lereng, elevasi, kerapatan sungai, jenis tanah, dan tutupan lahan. Dari hasil pemetaan diperoleh 5 kelas rawan banjir yang berbeda yaitu “sangat rawan” dengan luas 44,58 km2 (12,01%), “rawan” dengan luas 85,77 km2 (23.10%), “sedang” dengan luas 40,31 km2 (10,86%), “tidak rawan” dengan luas 92,03 km2 (24,78%), dan “sangat tidak rawan” dengan luas 108,63 km2 (29,26%). Kemudian dilakukan analisis upaya mitigasi struktural dengan embung kecil dan kolam retensi serta mitigasi non-struktural dengan sistem peringatan dini.