Meningkatnya kebutuhan akan air bersih, sanitasi, dan sumber daya lainnya telah mengakibatkan peningkatan volume limbah domestik dan industri yang masuk ke dalam sistem sungai. Analisis ada untuk mengetahui status mutu air Sungai Manten. Analisis yang dilakukan menggunakan metode Indeks Pencemaran (IP), CCME-WQI dan QUAL2Kw. Parameter yang digunakan dalam penelitian ini antara lain BOD, COD, DO, suhu, pH, TSS, Nitrat (NO3-), Nitrit (NO2-), Phospat (PO43-), Ammonia dan TDS. Setelah memperoleh nilai status mutu air Sungai Manten, kemudian akan dilakukan simulasi dengan menggunakan data primer tersebut menggunakan QUAL2Kw. Hasil analisis dengan menggunakan metode Indeks Pencemaran mendapatkan hasil tercemar ringan pada titik hulu dan hilir yang diteliti. Berbeda dengan hasil metode CCME-WQI pada bagian hulu dan hilir yang diteliti mendapatkan nilai cukup dan sedang. Dari metode QUAL2Kw dapat dilihat hasil dari beban pencemar yang masuk ke Sungai Manten dan diketahui bahwa parameter BOD yang melewati batas kelas II.