Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis integrasi pendidikan sains dan pendidikan pesantren di Pondok Pesantren Mansyaul Ulum Ganjaran. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif deskriptif, penelitian ini menggali pengalaman dan praktik integrasi yang ada di pesantren serta dampaknya terhadap pembelajaran santri. Teknik pengumpulan data dalam penelitian ini dengan observasi dan dokumentasi, teknik analisis data dengan reduksi data, penyajian data dan penarikan kesimpulan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa integrasi ini menghasilkan perubahan positif dalam sikap santri, yang tidak hanya memperoleh pengetahuan di bidang sains, tetapi juga memperdalam pemahaman mereka tentang ajaran agama. Santri menunjukkan sikap yang lebih terbuka dan kritis terhadap ilmu pengetahuan, serta mampu mengaitkan konsep-konsep sains dengan nilai-nilai agama. Penelitian ini menemukan bahwa lulusan santri memiliki keseimbangan antara pengetahuan umum dan pengetahuan agama, menciptakan generasi yang cerdas secara akademis dan memiliki moralitas yang tinggi. Meskipun terdapat tantangan dalam pelaksanaan integrasi, dukungan dari pengelola pesantren dan keterlibatan aktif santri berperan penting dalam keberhasilan model integrasi ini. Penelitian ini merekomendasikan pengembangan lebih lanjut dari model integrasi pendidikan sains dan agama sebagai langkah strategis untuk meningkatkan kualitas pendidikan di Indonesia.