Penelitian ini mengkaji perbandingan penerapan mekanisme checks and balances dalam sistem pemerintahan Indonesia dan Malaysia yang didasarkan pada teori pemisahan kekuasaan (separation of powers) yang dikemukakan oleh Montesquieu. Prinsip checks and balances memiliki peran krusial dalam mencegah terjadinya pemusatan kekuasaan pada satu lembaga negara dengan menerapkan sistem pengawasan dan pengimbangan antar lembaga. Pendekatan yang digunakan adalah kualitatif dengan metode studi literatur, melalui penelaahan terhadap sumber-sumber konstitusional, jurnal akademik, serta penelitian ilmiah yang relevan. Temuan penelitian menunjukkan bahwa Indonesia menerapkan prinsip checks and balances dengan lebih kuat melalui sistem presidensial yang menegaskan pemisahan kekuasaan antara lembaga eksekutif, legislatif, dan yudikatif. Sebaliknya, Malaysia menerapkan sistem parlementer dengan bentuk monarki konstitusional yang menonjolkan hubungan saling bergantung antara cabang kekuasaan, di mana eksekutif bertanggung jawab langsung kepada legislatif melalui mekanisme politik seperti mosi tidak percaya. Meskipun berbeda dalam struktur dan karakteristik, kedua negara sama-sama berupaya mempertahankan keseimbangan kekuasaan guna mencegah penyalahgunaan wewenang dan menjamin terselenggaranya pemerintahan yang demokratis.