MOLECULAR DOCKING AND MOLECULAR DYNAMIC STUDIES OF STILBENE DERIVATIVE COMPOUNDS AS SIRTUIN-3 (SIRT3) HISTONE DEACETYLASE INHIBITOR ON MELANOMA SKIN CANCER AND THEIR TOXICITIES PREDICTION - Muttaqin, Fauzan Zein (Journal of Pharmacopolium, 2019)
Reseptor SIRT3 (sirtuin-3) diketahui mampu menjaga level Spesies Oksigen Reaktif / Reactive Oxygen Species (ROS) pada jumlah yang sesuai dalam menjaga proliferasi sel dan sejumlah agresifitas fenotip yang mampu mencegah apoptosis dan menyebabkan karsinogenesis. Pengujian in vitro menunjukkan bahwa senyawa stilben 4׳-bromo-resveratrol memiliki potensi kuat dalam menghambat aktivitas SIRT3 pada sel melanoma manusia dengan mencegah proliferasi sel dan menginduksi apoptosis. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji interaksi dan afinitas senyawa derivat stilben terhadap reseptor hSIRT3 melalui simulasi docking. Interaksi yang terjadi dipelajari melalui simulasi dinamika molekul yang menggambarkan kestabilan interaksi antara protein ‒ ligan. Prediksi toksisitas dilakukan guna mengkaji keamanan dan toksisitasnya terhadap tubuh manusia. Validasi docking dilakukan dengan me-redocking ligan alami (4׳-bromo-resveratrol) dari reseptor target hSIRT3 (kode PDB 4C7B) dengan hasil nilai RMSD 1,88 Å. Simulasi docking terhadap 20 senyawa uji diperoleh 10 senyawa uji dengan afinitas terbaik yang akan dilanjutkan ke tahapan simulasi dinamika molekul. Persiapan file topologi kesepuluh senyawa uji dan protein target dilakukan sebelum simulasi dinamika molekul. Hasil simulasi dinamika molekul selama 10 ns menunjukkan bahwa senyawa Tetrahidroksistilben-2, Arahipin-10 dan Gnetin-L memiliki kestabilan interaksi yang baik terhadap hSIRT3 yang ditunjukkan oleh kecenderungan grafik RMSD yang konstan selama simulasi. Hasil prediksi toksisitas 20 senyawa uji diperoleh bahwa sebesar 83% senyawa uji tidak menimbulkan toksisitas.Berdasarkan penelitian tersebut, diketahui bahwa senyawa Tetrahidroksistilben-2 paling berpotensi menjadi kandidat senyawa inhibitor hSIRT3 dengan afinitas tertinggi dan resiko toksisitas yang minimal.