DESAIN PRIMER SPESIFIK GEN tetB (tetracycline resistance protein) BAKTERI Bacillus subtilis - ., Didit Syaputra (Jurnal Mahasiswa Farmasi Fakultas Kedokteran UNTAN, 2019)
Penyebab resistensi suatu bakteri terhadap antibiotik salah satunya adalah adanya genresisten pada bakteri. Tetrasiklin merupakan salah satu antibiotik yang memiliki gen resistenpada suatu bakteri Salah satu gen resisten pada antibiotik tetrasiklin adalah gen tetB yangmana terdapat di bakteri Bacillus subtilis. Pendeteksian adanya gen resisten pada instrumenPCR membutuhkan sebuah primer berupa sekuens DNA rantai pendek sebagai pengenalDNA target secara spesifik. Desain primer dilakukan secara insilico menggunakan situsNCBI, Primer3Plus dan OligoAnalyzer. Sekuen nukleotida dari gen tetB Bacillus subtilisdapat dicari dalam situs NCBI dengan format FASTA yang danalsis lebih lanjutmenggunakan program Primer3Plus dan OligoAnalyzer. Hasil perancangan primer gen tetBBacillus subtilis diperoleh 10 kandidat primer dengan menggunakan 2 perbedaan suhuoptimum di program Primer3Plus yakni dari Tm optimum 55°C dan 60°C. Primer yangmemiliki kriteria primer terbaik yakni primer 3 pada suhu 60°C dengan urutan basa primerforward 5’- ACCCTTTGCGGAGGACTAAT –3’ dengan panjang basa 20, Tm 56,1°C, %GC sebesar 50 % , hairpin dengan nilai ΔG = -1,14 kcal/mol, self dimer dengan nilai ΔG = 3.61,serta cross dimer dengan nilai ΔG = -4,64 kcal/mol dan urutan basa primer reverseyaitu 5’ – CAAGGAACCTTTCCGATCAA -3’ dengan panjang basa 20, Tm 52,7°C, % GCsebesar 45 % , hairpin dengan nilai ΔG = -1,41 kcal/mol, self dimer dengan nilai ΔG = -6.61serta cross dimer dengan nilai ΔG = -3,9 kcal/mol Kata kunci: Desain primer, gen tetB, Tetrasiklin, Bacillus subtilis