DETEKSI VIRUS PENYEBAB PENYAKIT KERDIL PADA BENIH UDANG WINDU (Penaeus monodon) DENGAN MULTIPLEKS PCR - Sriwulan Sriwulan; Hilal Anshary (Jurnal Perikanan Universitas Gadjah Mada, 2011)
Fenomena penyakit kerdil pada udang monodon yang umum dikenal sebagai monodon slow growth syndrome (MSGS) telah dilaporkan menyebabkan kerugian yang signifikan terhadap produksi udang di banyak negara termasuk Indonesia. Sindrom pertumbuhan yang lambat dari P. monodon disebabkan karena infeksi virus, monodon baculovirus (MBV), infection hypodermal and hematopoietic necrosis virus (IHHNV) dan hepatopancreatic parvovirus (HPV). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis terjadinya infeksi virus yang dikaitkan dengan gejala pertumbuhan lambat serta untuk mengukur prevalensi infeksi virus benih udang di Sulawesi Selatan, khususnya di Kabupaten Takalar, dengan menggunakan teknik deteksi multipleks PCR (MPCR). Teknik multipleks PCR merupakan teknik yang relatif baru yang digunakan untuk mendeteksi secara bersamaan lebih dari satu agen virus dalam satu tabung reaksi. Dalam penelitian ini, 3 pasang primer spesifik digunakan untuk proses amplifikasi IHHNV, MBV dan HPV. Setelah melakukan optimasi beberapa kali pada suhu annealing, deteksi virus ini dengan teknik MPCR pada benih udang menunjukkan bahwa ketiga virus, sebagai agen penyebab MSGS, ditemukan pada tempat penetasan yang diamati. Produk PCR IHHNV terbaca di 302 bp, MBV pada 261 bp dan HPV pada 595 bp. Prevalensi infeksi IHHNV, MBV dan HPV masing-masing adalah 50%, 62% dan 44%. Prevalensi dari ketiga virus dianggap tinggi dan bisa menjadi sumber penularan virus di tambak udang tanpa seleksi benih yang tepat.