Deteksi human papilloma virus (HPV) tipe 16 dan tipe 18 dengan teknik polymerase chain reaction (PCR) dan hibridisasi dot blot dengan pelacak DNA berlabel biotin - M. L. ROSILAWATI; B. BELA; J. INDARTI (Indonesian Journal of Obstetrics and Gynecology, 2007)
Tujuan: Menerapkan teknik PCR-hibridisasi dot blot dengan pelacak DNA berlabel biotin untuk mendeteksi HPV tipe 16 dan 18 pada spesimen swab dan biopsi jaringan serviks. Rancangan/rumusan data: Penelitian ini bersifat deskriptif. Bahan dan cara kerja: Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah spesimen swab dan biopsi serviks berjumlah 124 spesimen. Ekstraksi DNA sampel dilakukan dengan metode Boom dan QIAAmp DNA Mini Kit (Qiagen). Amplifikasi DNA dengan teknik PCR menggunakan primer PGMY11 dan PGMY09, dilaksanakan untuk mendeteksi infeksi HPV. Tipe HPV-16 dan tipe 18 dideteksi dengan teknik hibridisasi dot blot dari produk PCR dengan pelacak DNA berlabel biotin. Hasil: Dari 124 spesimen, 18 spesimen (15%), menunjukkan hasil PCR positif HPV dan dari hasil positif PCR tersebut, 7 spesimen menunjukkan hasil hibridisasi dot blot negatif sehingga dapat dinyatakan spesimen tersebut terinfeksi dengan tipe HPV risiko tinggi lainnya atau risiko rendah. Hasil positif hibridisasi dot blot terlihat pada 24 spesimen (19%) yaitu 20 spesimen (16%) terinfeksi HPV-16 dan 4 spesimen (3%) terinfeksi HPV-18. Dari 20 spesimen positif HPV-16, 9 spesimen memperlihatkan hasil PCR negatif sedangkan dari 4 spesimen positif HPV- 18, 1 spesimen menunjukkan hasil negatif PCR. Hal ini membuktikan teknik PCR-hibridisasi dot blot lebih sensitif dibanding PCR-elektroforesis gel agarosa. Beberapa spesimen swab maupun biopsi pasien prakanker atau kanker memperlihatkan hasil negatif HPV-16 maupun 18. Kemungkinan faktor penyebabnya adalah selain adanya infeksi tipe HPV risiko tinggi dan virus lain juga terintegrasinya DNA HPV ke dalam DNA genom host. Berdasarkan kelompok umur, pasien dengan umur di atas 30 tahun lebih banyak terinfeksi HPV-16 maupun HPV-18. Kesimpulan: HPV dari spesimen alat genitalia dapat dideteksi dengan teknik PCR menggunakan primer PGMY11 dan PGMY09. Deteksi tipe HPV terutama HPV-16 dan HPV-18 dapat dilakukan dengan teknik PCR yang dilanjutkan dengan hibridisasi dot blot dengan pelacak DNA berlabel biotin yang merupakan metode cepat, sensitif , spesifik dan sangat efisien digunakan pada spesimen dengan jumlah banyak. Teknik ini dapat diterapkan sebagai metode deteksi dini kanker serviks secara molekuler. [Maj Obstet Ginekol Indones 2007; 31-4: 218-25] Kata kunci: PCR, hibridisasi dot blot, HPV-16, HPV-18