DNA extraction and amplification of the rbcL (ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit) gene of red seaweed Gracilaria sp. from Bahoi Waters, North Minahasa Regency - Hengkengbala, Irvan R; Gerung, Grevo S; Wullur, Stenly (AQUATIC SCIENCE & MANAGEMENT, 2018)
Title (Bahasa Indonesia): Ekstraksi DNA dan Amplifikasi genÂ rbcL(ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit) Alga MerahÂ GracilariaÂ sp. dari Perairan Desa Bahoi, Kabupaten Minahasa UtaraÂ The quality of DNA extraction and gene amplification in algae are influenced by several factorsÂ includingthe characters and components of the algal cell wall. Therefore, extraction procedure that successfully works in one species of algaeÂ mayfailÂ for anotherÂ type ofÂ algae.Â Â The present study was aimed to examineÂ severalÂ DNA extractionÂ techniquesandÂ rbcLÂ (ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit)gene amplifications ofÂ GracilariaÂ sp. collectedÂ inBahoi, North MinahasaÂ (126043â€™48â€™â€™N 12501â€™33â€E). DNA genom ofÂ Gracilariasp. was extracted using conventional method (CTAB,Â Cetyltrimethyl ammonium Bromide), and commercial extraction kits (innuPrep Plant DNA Kit and Geneaid Genomic Plant Mini Kit).Â Amplification ofÂ rbcLgene employed 2 primers (rbcL-aF; ATGTCACCACAAACAGAGACTA AAGC, rbcL-aR; GTAAAATC-AAGT CCACCRCG, and rbcL-1F ATGTCACCACAAACAGAAAC, rbcL-724R TCGCATGTA-CC TGCAGTAGC under 2 different annealing temperatures (45 and 500C). Genomic DNA ofÂ Gracilariasp. was successfully extracted using Geneaid DNA Mini Kit (Plant) indicated by a DNA band on the agarose gel.Â RbcLgene ofÂ GracilariaÂ sp. could be amplified using primer 1F-724R and annealing temperature at 500C indicatedÂ byaÂ sharp DNA band at 300-400 bp (1kb marker, Solis Biodyne) as a partial amplification of the target gene.Kualitas hasil ekstraksi DNA dan amplifikasi gen pada alga dipengaruhi oleh beberapa faktor diantaranya adalah karakter dan komponen penyususun dinding sel alga itu sendiri. Oleh karena itu, prosedur ekstraksi yang berhasil dilakukan pada pada satu jenis alga dapat saja gagal dilakukan untuk jenis alga lainnya.Â Â Penelitian ini dilakukan untuk mengkaji beberapa teknik ekstraksi DNA dan kondisi amplifikasi genÂ rbcL(ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit) pada alga jenisÂ Gracilariasp. dari perairan Bahoi, Minahasa Utara (126043â€™48â€™â€™N 12501â€™33â€E).Â Â Ekstraksi DNAÂ GracilariaÂ sp. dilakukan menggunakan metode konvensional (CTAB,Â Cetyltrimethyl ammonium Bromide), dan menggunakan kit ekstraksi komersil (innuPrep Plant DNA KitdanÂ Geneaid Genomic Plant Mini Kit). Amplifikasi genÂ rbcLdilakukkan menggunakan 2 pasang primer (rbcL-aF; ATGTCACCACAAACAGAGACTA AAGC,Â rbcL-aR; GTAAAATCAAGTCCACCRCG, danÂ rbcL-1F ATGTCACCACA AACAGAAAC,Â rbcL-724R TCGCATGTACCTGCAGTAGC dan 2 kondisi suhuÂ annealingberbeda(45 dan 500C). DNA genom alga (Gracilariasp.) dapat diekstraksi menggunakan prosedur Geneaid DNA Mini Kit (Plant) yang ditandai adanya pita DNA pada gel agarose. GenÂ rbcLofÂ GracilariaÂ sp. dapat diamplifikasi menggunakan pasangan primerÂ rbcL1F dan 724R pada suhu annealing 500C yang ditandai dengan adanya pita DNA tebal pada posisi sekitar 300-400 bp (1kb marker, Solis Biodyne).Â Â Munculnya pita DNA target pada posisi tersebut mengindikasikan keberhasilan amplifikasi gen target secara parsial.