DETERMINASI URUTAN NUKLEOTIDA PADA PLASMID MITOKONDRIA Paramecium caudatum stok GT704 - Trina E. Tallei Tallei (Bionatura, 2002)
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan urutan nukleotida dari DNAplasmid pada mitokondria dalam P. caudatum stok GT704 dalam rangkamengidentifikasi produk-produk gen potensial dan juga yang bertanggung jawabdalam pemeliharaan DNA itu sendiri di dalam mitokondria. Metoda yangdigunakan dalam penelitian ini adalah isolasi DNA, cloning dan sekuensing dandiikuti dengan analisis urutan-urutan nukleotida yang didapat denganmenggunakan program yang tersedia secara on line di internet. Dimer-dimerditemukan mudah berdisosiasi menjadi monomer apabila diperlakukan dalamkondisi panas dengan kekuatan ion yang rendah. Dimer-dimer tersebut dapatdistabilkan dengan cara ligasi. Hasil ini menunjukkan bahwa masing-masingmonomer mempunyai suatu ujung lengket sticky yang komplementer antaramonomer-monomer yang sejenis sehingga dapat membentuk dimmer, denganmeninggalkan suatu nick yang dapat diligasi dengan menggunakan ligase.Urutan-urutan nukleotida dari beberapa DNA plasmid tersebut telah ditentukansecara acak. Hasil analisis urutan-urutan nukleotida memperlihatkan bahwa DNAdimer mempunyai 2 ORF yang mengkode RNA polimerase putatif. Diasumsikanbahwa asal mula DNA plasmid ini adalah elemen yang dapat berpindah atausemacam virus lainnya karena urutan-urutan nukleotida dari motif EVI-1 ectopicviral integration site-1 ditemukan. Diasumsikan juga bahwa DNA plasmid ini dapatberintegrasi ke mtDNA karena mempunyai urutan-urutan nukleotida yanghomolog dengan mtDNA dari beberapa siliata.Kata kunci : Paramecium caudatum, plasmid linier, mitokondria, RNA polimerase putatif