Pemanfaatan marka gen OsIRT1 untuk seleksi galur populasi silang ganda turunan padi lokal Markuti toleran cekaman keracunan Fe - Marjam Toding; Dwinita W. Utami (Zuriat, 2012)
Keracunan Fe adalah salah satu cekaman abiotik yang dapat secara nyata mempengaruhi produksi padi, terutama pada lahan basah marginal. Keracunan Fe dapat menurunkan produksi padi 60% hingga 90% pada daerah podzolik merah kuning. Mekanisme toleransi keracunan Fe pada tanaman padi salah satunya diperankan gen OsIRT1 (O. sativa Regulated Transporter). Peta genetik dari gen ini terdapat pada kromosom 7, pada posisi 47,787-52,212 Mb, yaitu memanjang pada contig AP004297 dan lokus MSU Osa1 :  LOC_Os07g01090. Salah satu aksesi plasma nutfah padi lokal tepilih berdasarkan hasil penelitian dengan pendekatan allele mining adalah Markuti(Indica, IRN:) yang diketahui memiliki alel gen OsIRT. Plasma nutfah tersebut telah digunakan sebagai material genetik persilangan ganda dengan varietas terseleksi Bio110 (IR54/Parekaligolara//Bio110/Markuti), dalam program pembentukan galur-galur harapan padi baru toleran cekaman biotik (tahan penyakit BLB dan Blas) dan abiotik (toleran keracunan Fe dan kahat P). Tujuan dari penelitian ini adalah: menguji keragaan sifat ketahanan galur-galur populasi F2 hasil silang ganda (IR54/Parekaligolara//Bio110/Markuti) terhadap cekaman keracunan Fe, berdasarkan pengujian phenotyping di rumah kaca dan genotyping menggunakan marka molekular spesifik penanda gen OsIRT1. Uji keragaan fenotipe dilakukan dengan menguji respon 88 total tanaman F2 yang ditanam dengan kondisi Fe tinggi (tanah masam-tergenang). Sedangkan keragaan genotipe dilakukan dengan menganalisis PCR populasi di atas menggunakan marka spesifik penanda  gen OsIRT1. Hasil pengujian menunjukkan bahwa keragaan galur-galur F2 hasil silang ganda (IR54/Parekaligolara//Bio110/Markuti) terdapat 68 tanaman bersifat toleran (skor 2-3), 11 tanaman bersifat sedang (skor 5) dan 9 tanaman bersifat rentan (skor 7). Sedangkan keragaan genotipe berdasarkan analisis PCR menggunakan marka OsIRT1 menunjukkan segregasi dengan tipe: 0,1 dan 2 yang berturut-turut co-segregasi dengan sifat : peka, sedang dan toleran.