Identifikasi Lamun Di Perairan Pulau Panjang Dan Perairan Pantai Sancang Menggunakan Primer rbcL Dan matK - Yuanita Prastika Wuri; Mochamad Untung Karunia Agung; Titin Herawati (Jurnal Perikanan Kelautan, 2016)
Barkoding merupakan cara mengidentifikasi spesies pada tingkat gen berdasarkan susunan nukleotida masing-masing spesies. Polimerasi DNA hanya dapat dilakukan jika tersedia molekul primer. Dua gen di kloroplas, gen rbcL dan matK telah disepakati sebagai daerah barkode untuk mengidentifikasi tumbuhan. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi lamun secara molekuler dan mengetahui efektifitas primer yang digunakan. Penelitian dilaksanakan pada bulan Februari hingga September 2015, terdiri dari pengambilan sampel, isolasi DNA, dan PCR. Identifikasi morfologi menunjukkan lamun yang berada di Pantai Sancang diduga spesies Cymodocea rotundata dan Thalassia hemrprichii. Sedangkan lamun yang berada di Pulau Panjang diduga spesies Cymodocea serrulata dan Enhalus acoroides. DNA keempat sampel lamun berhasil diisolasi menggunakan metode CTAB dengan hasil kemurnian genom menggunakan spektrofotometer menunjukkan semua sampel memiliki rasio dibawah 1,8, yaitu untuk sampel YPW01 sebesar 1,369; YPW02 sebesar 1,192; YPW03 sebesar 1,397; dan YPW04 sebesar 1,267. Namun keempat tidak dapat teramplifikasi dengan primer rbcL maupun matK. Hal ini diduga karena kondisi kualitas genom yang kurang baik atau kemungkinan tidak komplemen antara sekuen pimer dengan DNA target genom akibat mutasi.