KERAGAMAN GENETIK RUMPUT LAUT Eucheuma spp. DARI SUKABUMI, JAWA BARAT BERDASARKAN METODE RAPD PCR - Putri Indah Ayuningrum; Eddy Afrianto; Yuniar Mulyani (Jurnal Perikanan Kelautan, 2012)
Informasi tentang keragaman genetik plasma nutfah sangat diperlukan untuk mendukung program pemuliaan dan upaya konservasi. Metode RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) telah digunakan untuk mengetahui keragaman genetik rumput laut Eucheuma spp di Sukabumi, Jawa Barat. DNA dari sampel rumput laut jenis Eucheuma spp diisolasi menggunakan metode CTAB dan diamplifikasi dengan PCR-RAPD menggunakan dua primer acak yaitu OPA-02 (5’- TGCGGAGCTG -3’) dan OPA-03 (5’- AGTCAGCCAC -3’). Aplikasi penggunaan primer OPA-03 lebih banyak menghasilkan larik polimorfik sehingga lebih sensitif. Penelitian ini menggunakan metode survei dengan analisis deskriptif kualitatif di laboratorium. Hasil visualisasi DNA dari kedua primer menunjukkan 119 pola larik yang terdiri dari 15 pola larik polimorfik dan 104 pola larik monomorfik. Pola larik tersebut diterjemahkan ke dalam bentuk data numerik (1/0). Program NTSYS-pc digunakan untuk membangun pohon filogenetik.Hasil pohon filogenik secara umum dari kedua primer diperoleh 2 kelompok besar. Kelompok pertama terdiri dari Eucheuma cottonii dan Eucheuma serra. Di kelompok kedua terdiri dari  Eucheuma denticulatum. Secara umum keragaman genetik dari 9 sampel rumput laut Eucheuma spp dari Sukabumi, Jawa Barat memperlihatkan hubungan kekerabatan yang rendah. Populasi-populasi yang berdekatan mempunyai kecenderungan untuk membentuk satu sub-kelompok.