Identifikasi Daging Babi Menggunakan Metode PCR-RFLP Gen Cytochrome b dan PCR Primer Spesifik Gen Amelogenin - Yuny Erwanto; Sugiyono Sugiyono; Abdul Rohman; Mohammad Zainal Abidin; Dwi Ariyani (agriTECH, 2012)
A polymerase chain reaction–restriction fragment length polymorphism (PCR–RFLP) and species specific PCR methods had been applied for identifying pork in mixture of meat. Pork sample in various levels (1, 3, 5 and 10%) was prepared in mixture with beef, chicken and mutton. The primary CYTb1 and CYTb2 were designed in the mitochondrial cytochrome b b (cytochrome b) gene and PCR successfully amplified fragments of 359 bp. To distinguish pig species existence, the amplified PCR products of mitochondrial DNA were cut by BseDI restriction enzyme. The result showed that pig mitochondrial DNA was cut into 131 and 228 bp fragments. A polymerase chain reaction (PCR) method based on the nucleotide sequence variation in the amelogenin gene has been chosen for the specific identification of pork DNAs in mixture meat. The primers designed generated specific fragments of 353 and 312 bp length for pork. The specificity of the primary designed was tested on 4 animal species including pig, cattle, chicken and goat species. Analysis of experimental mixture meat demonstrated that 1% of raw pork tissues could be detected using PCR-RFLP with BseDI restriction enzyme but detection using species-specific PCR showed the cross reactivity to beef, chicken and mutton. The cytochrome b PCR-RFLP species identification assay yielded excellent results for identification of pig species. PCR-RFLP is a potentially reliable technique for detection of the existence of pork in animal food product for Halal authentication. ABSTRAKPenelitian ini dilakukan untuk mengaplikasikan metode deteksi daging babi dalam campuan daging dengan sapi, kambing dan ayam melalui PCR-RFLP dan PCR dengan primer spesifik untuk babi. Level kontaminasi daging babi dibuat sebesar 1, 3, 5 dan 10% dari total daging dalam campuran. Metode PCR-RFLP menggunakan sepasang primer yaitu gen cytochrome b dari mitokondria yang menghasilkan fragmen DNA sebesar 359 bp. Untuk mengetahui ada tidaknya kontaminasi babi dalam adonan daging tersebut diaplikasikan enzim restriksi BseDI yang dapat memotong DNA dari gen cytochrome b babi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen cytochrome b dari babi dapat terpotong menjadi dua fragmen yaitu sebesar 228 bp dan 131 bp. Untuk desain primer spesifik digunakan gen amelogenin yang mempunyai sekuen yang berbeda diantara ke empat spesies uji yaitu babi, sapi, ayam dan kambing. Primer spesifik didesain pada panjang fragmen sebesar 353  dan 312 bp. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kontaminasi daging babi sebesar 1% masih dapat terdeteksi dengan metode PCR-RFLP tetapi pengujian dengan primer spesifik yang ditujukan hanya untuk deteksi DNA babi masih menunjukkan reaksi silang dengan spesies hewan lain yaitu sapi, kambing dan ayam. Pengujian dengan PCR-RLP pada gen cytochrome b menghasilkan hasil yang lebih baik dan jelas untuk pengujian kontaminasi babi dibandingkan dengan PCR dengan primer spesifik. Metode PCR-RFLP merupakan metode yang potensial untuk analisis deteksi keberadaan unsur babi pada produk olahan pangan khususnya untuk deteksi status kehalalan.