Deteksi bakteri pembentuk amina biogenik pada ikan Scombridae secara multiplex PCR: Detection of Biogenic Amine Producing Bacteria in Scombridae Fish based on Multiplex PCR assay - Nurjanah; Rizsa Mustika Pertiwi; Mala Nurilmala; Asadatun Abdullah; Roza Yusfiandayani; M. Fedi A. Sondita (Jurnal Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia, 2020)
Amina biogenik merupakan komponen basa nitrogen yang terbentuk oleh dekarboksilasi asam amino. Amina biogenik yang sering terdeteksi pada produk perikanan di antaranya histamin, tiramin dan kadaverin. Gen pengkode dekarboksilasi asam amino tersebut yaitu histidine decarboxylase (hdc), tyrosine decarboxylase (tdc) serta lysine decarboxylase (ldc). Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan isolat DNA bakteri beserta konsentrasi dan kemurniannya, menyeleksi media pertumbuhan bakteri, mendeteksi gen hdc, tdc dan ldc menggunakan multiplex PCR serta identifikasi bakteri.. Sampel yang digunakan yaitu ikan tuna beku, tongkol beku, cakalang beku, tuna loin, pindang tongkol potong dan pindang tongkol bumbu kuning serta kontrol positif menggunakan ikan tuna yang disimpan pada suhu ruang selama 3 hari. Penelitian terdiri dari tahap pra-pengayaan bakteri pada media marine broth dan lactose broth, isolasi DNA sampel tanpa dan hasil pra-pengayaan, uji kemurnian dan konsentrasi isolat serta amplifikasi gen target hdc, tdc, ldc menggunakan multiplex PCR. Hasil yang diperoleh yaitu kualitas isolat DNA bakteri pada umumnya sudah murni, dengan konsentrasi isolat 15,75-157,84 ng/µL. Teknik multiplex PCR berhasil mendeteksi gen hdc, tdc dan ldc pada ikan scombridae. Kondisi optimum amplifikasi PCR yaitu annealing pada suhu 50°C selama 90 detik. Gen yang terdeteksi pada sampel tanpa pra-pengayaan yaitu tdc, sedangkan ldc dan hdc ditemukan pada sampel hasil pra-pengayaan media lactose broth dan marine broth. Bakteri pembentuk amina biogenik teridentifikasi sebagai Enterococcus fecalis, M. morganii, E. aerogenes, Citrobacter sp., Hafnia paralvei dan Obesumbacterium proteus. Amina biogenik merupakan komponen basa nitrogen yang terbentuk oleh dekarboksilasi asam amino. Amina biogenik yang sering terdeteksi pada produk perikanan di antaranya histamin, tiramin dan kadaverin. Gen pengkode dekarboksilasi asam amino tersebut yaitu histidine decarboxylase (hdc), tyrosine decarboxylase (tdc) serta lysine decarboxylase (ldc). Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan isolat DNA bakteri beserta konsentrasi dan kemurniannya, menyeleksi media pertumbuhan bakteri, mendeteksi gen hdc, tdc dan ldc menggunakan multiplex PCR serta identifikasi bakteri.. Sampel yang digunakan yaitu ikan tuna beku, tongkol beku, cakalang beku, tuna loin, pindang tongkol potong dan pindang tongkol bumbu kuning serta kontrol positif menggunakan ikan tuna yang disimpan pada suhu ruang selama 3 hari. Penelitian terdiri dari tahap pra-pengayaan bakteri pada media marine broth dan lactose broth, isolasi DNA sampel tanpa dan hasil pra-pengayaan, uji kemurnian dan konsentrasi isolat serta amplifikasi gen target hdc, tdc, ldc menggunakan multiplex PCR. Hasil yang diperoleh yaitu kualitas isolat DNA bakteri pada umumnya sudah murni, dengan konsentrasi isolat 15,75-157,84 ng/µL. Teknik multiplex PCR berhasil mendeteksi gen hdc, tdc dan ldc pada ikan scombridae. Kondisi optimum amplifikasi PCR yaitu annealing pada suhu 50°C selama 90 detik. Gen yang terdeteksi pada sampel tanpa pra-pengayaan yaitu tdc, sedangkan ldc dan hdc ditemukan pada sampel hasil pra-pengayaan media lactose broth dan marine broth. Bakteri pembentuk amina biogenik teridentifikasi sebagai Enterococcus fecalis, M. morganii, E. aerogenes, Citrobacter sp., Hafnia paralvei dan Obesumbacterium proteus.