Analisis Polimorfisme DNA Ikan Gabus (Channa striata) Berbeda Ukuran Menggunakan Teknik RAPD - Ahmad Hanif Pranoto Utomo; Taufik Budhi Pramono; Hary Tjahja Soedibya; Purnama Sukardi; Hamdan Syakuri (Sainteks, 2020)
Seleksi genetik perlu dilakukan pada ikan gabus (Channa striata) yang potensial dikembangkan sebagai komoditas akuakultur di Indonesia. Teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) umum digunakan untuk mengetahui polimorfisme DNA yang dikaitkan dengan ciri fenotip suatu organisme. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui polimorfisme DNA ikan gabus (Channa striata) ukuran berbeda dengan menggunakan teknik RAPD. Sampel ikan dari sepasang induk dikelompokkan berdasarkan berat menjadi tiga kelompok: kecil (2,26-3,00 g), sedang (3,01-3,75 g), dan besar (3,76-4,50 g). Sampel DNA diisolasi dari lima individu per kelompok ukuran. Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan tiga primer RAPD (OPA-02, OPA-04, OPA-07) dan hasilnya dianalisis menggunakan software PyElph. Sebagai tambahan, analisis Truss morfometrik dilakukan pada ketiga kelompok ikan tersebut. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebagian besar fragmen DNA bersifat monomorfik. Beberapa fragmen DNA bersifat polimorfik, namun tidak terkait dengan kelompok ukurannya. Percabangan pada hasil analisis filogenetik tidak mencerminkan kelompok ukuran ikan. Selain itu, tiga karakter morfometrik Truss (A2, A6 dan C3) dapat digunakan sebagai penanda kelompok ukuran berat yang berbeda pada ikan gabus.