Visualisasi Interaksi Ligan Ibuprofen terhadap Protein Cyclooxygenase secara Komputasi - Nurhayati Awik; A Rihandoko; M Santoso; E Setiawan (Proceeding Biology Education Conference: Biology, Science, Enviromental, and Learning, 2019)
Enzim Cyclooxygenase-2 (COX-2) bertanggung jawab terhadap proses inflamasi dan rasa nyeri. Pemberian senyawa Ibuprofen (IBP) dapat berperan sebagai inhibitor cyclooxygenase-2 yang menghambat aktifitas enzim COX-2 dalam mensintesis prostaglandin yang merespon rasa nyeri dan proses inflamasi. Tujuan dalam penelitian ini untuk mengetahui interaksi antara ibuprofen dengan protein Cyclooxygenases secara komputasi. Metode yang digunakan dalam penelian ini molecular dinamyc simulation (MD) untuk membuat reaksi kimia secara virtual. Hasil RMSD kompleks IBP dengan COX-2 adalah ~0,76 hingga ~2,37Å, Hasil RMSF menunjukkan COX-2 tingkat fleksibilitas yang tinggi. Jumlah ikatan Hidrogen intramolekuler berkisar 0 hingga 2 dan ikatan hidrogen intermolecular berada pada ARG12@O2, ARG12@O1, ARG438@O1. Interaksi antara Ibuprofen dengan Cyclooxygenase-2 menunjukkan terbentuknya ikatan Hidrogen dan membentuk kompleks protein.