APLIKASI BLAST NCBI DALAM PENCARIAN TYPE REFERENCE SEKUEN RBCL Gyrinops versteegii - I Gde Adi Suryawan Wangiyana (JURNAL SANGKAREANG MATARAM, 2022)
Tujuan riset ini adalah untuk menguji aplikasi BLAST NCBI dalam pencarian type reference sekuen rbcL spesies Gyrinops versteegii sekaligus sebagai acuan analisis filogenetik. Daun G. versteegii diambil dari perkebunan gaharu di Desa Langko Lombok Barat. Ekstraksi DNA dari daun G. versteegii dilakukan dengan menggunakan Blood Animal Plant DNA Preparation Kit. DNA genom hasil isolasi diukur konsentrasi dan kemurniannya dengan mengukur absorbansi pada panjang gelombang 230 nm, 260 nm, dan 280 nm. Amplifikasi PCR dilakukan dengan menggunakan KAPA 2G PCR mix dengan program initial denaturation 95 http://www.sangkareang.org/ Volume 9,No.1,Maret 2022 o C selama 3 menit diikuti 40 siklus denaturasi 95 o C selama 15 detik, annealing 37 o C selama 1 menit, extension 72 o C selama 2 menit, dan final extension 72 o C selama 5 menit. Penelurusan Type reference dilakuakn dengan menggunakan aplikasi MegaBLAST. Hasil Penelusuran selanjutnya di alignment dengan ClustalX dan direkonstruksi pohon filogenetiknya menggunakan alogritme Neighbor-Joining dan Maximum Parsimony pada program MEGA 5.1. Hasil penelurusan MegaBLAST menunjukkan type reference rbcL G. versteegii yang terdiri dari 13 genus dan 43 spesies. Beberapa genus merupakan anggota family Thymeleaceae (Gyrinops, Aquilaria, Gonystylus, dan Wikstroemia) namun terdapat pula genus non family Thymeleaceae (Degeworthia, Stellera, Daphne, Diarthorn, Phaleria, Pimelea, Ovidia, Gnidia, dan Lachnaea). Genus Gyrinops dan Aquilaria tetap menjadi dua genus dengan nilai % identity tertinggi sehingga dijadikan type reference untuk rekonstruksi pohon filogenetik. Pohon filogenetik algoritme Neighbor-Joining maupun Maximum Parsimony sama – sama menunjukkan bahwa OTU G. versteegii selalu terkumpul dalam clade yang sama. Hal ini sekaligus menunjukkan hubungan yang bersifat monofiletik.