STABILITAS DAN DINAMIKA TERMAL DOMAIN SITOPLASMA VIRAL PROTEIN U (VPU) DARI VIRUS HIV TIPE 1 - I Putu Parwata (Prosiding Seminar Nasional MIPA, 2012)
AbstrakViral protein U (vpu) diekspresikan oleh human immunodefeciency virus tipe 1 (HIV-1), berperan dalam pelepasan partikel virus dan degradasi reseptor CD4 yang dihasilkan oleh sistem imun sel inang. Domain sitoplasma protein vpu berperan dalam pengikatan dan degradasi molekul CD4. Struktur -heliks I di daerah N-terminal domain sitoplasma protein vpu berfungsi mengikat molekul CD4, sedangkan residu serin-53 dan serin-57 yang terfosforilasi berperan menginduksi degradasi CD4. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui stabilitas dan dinamika termal domain sitoplasma protein vpu. Penelitian dilakukan secara in silico melalui simulasi dinamika molekul menggunakan program NAMD versi 2.8. Protein dipanaskan pada suhu 300, 400, dan 500 K, kemudian diamati perubahan strukturnya. Hasil simulasi menunjukkan struktur -heliks I domain sitoplasma protein vpu sangat stabil hingga pemanasan pada suhu 500 K, sehingga sangat mendukung fungsinya dalam pengikatan reseptor CD4. Residu serin-53 dan serin-57 menunjukkan stabilitas yang cukup baik sampai suhu 400 K sehingga cukup mendukung fungsinya dalam menginduksi degradasi molekul CD4, namun pada suhu 500 K kedua residu tersebut semakin menjauh. Hasil ini menunjukkan dua daerah penting pada domain sitoplasma protein vpu tersebut stabil dalam menunjang fungsinya.