Hubungan Lama Penyimpanan Sampel Arsip Jaringan dalam Blok Parafin Terfiksasi Formalin dengan Kualitas Hasil Ekstraksi DNA Mitokondria Jaringan - Zen Hafy; Venny Larasati; Riana Sari Puspita; Novizar S; Haekal M; Rafdi A; Sentani R (Sriwijaya Journal of Medicine, 2018)
Sampel arsip jaringan terfiksasi formalin dalam blok paraffin atau Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) menyediakan sumber materi biologis yang melimpah dalam studi molekuler saat ini. Kualitas asam nukelat, terutama mtDNA yang diekstraksi dari jaringan FFPE dapat dipengaruhi oleh waktu penyimpanan. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui apakah lama waktu penyimpanan jaringan FFPE mempengaruhi kualitas hasil ekstraksi mtDNA di Bagian Patologi Anatomi RSUP Dr. Mohammad Hoesin Palembang. DNA diekstraksi dari 16 sampel arsip FFPE yang diambil secara acak dari Laboratorium Patologi Anatomi RSUP dr. Mohammad Hoesin Palembang. Sampel tersebut dibagi menjadi dua kelompok berdasarkan lama waktu penyimpanan (kurang dari 1 tahun dan 1 sampai 5 tahun). Isolat DNA dari kedua grup diamplifikasi menggunakan PCR dengan dua primer mitokondria yag didisain khusus masing-masing sepanjang 320 pb dan 142 pb. Visualisasi hasil PCR dilakukan dengan metode elektroforesis. Tidak ada sampel dari kedua kelompok lama waktu penyimpanan yang dapat diamplifikasi dengan menggunakan primer sepanjang 320pb. Namun, hasil PCR menggunakan primer 142 pb menunjukkan hasil yang positif pada semua sampel dari kedua kelompok lama waktu penyimpanan. Penelitian ini mengisyaratkan bahwa kualitas mtDNA hasil isolasi dari sampel arsip FFPE yang ada di Bagian Patologi Anatomi RSUP Dr. Mohammad Hoesin Palembang tidak dipengaruhi oleh lamanya waktu penyimpanan arsip. Lebih lanjut, penelitian ini menunjukkan bahwa mtDNA yang diekstraksi dari sampel arsip FFPE sudah mengalami degradasi sehingga kurang baik bila digunakan untuk analisis genetik yang membutuhkan amplikon DNA yang Panjang.