Comparison of Pocket PCR and Water bath-based RT-LAMP assay for SARS-CoV-2 Detection - Ika Afifah Nugraheni; Arif Bimantara; Dinar Mindrati Fardhani; Arif Yusuf Wicaksana (Prosiding University Research Colloquium, 2021)
SARS-CoV-2 telah menyebabkan 133,023 jiwa meninggal di Indonesia hingga Bulan Agustus 2021, dan 4,089,801 terkonfirmasi COVID-19. Penyebaran yang masif di masyarakat ini harus diimbangi dengan penegakan diagnosa yang cepat dan akurat. Metode RT-LAMP (Reverse-Transcriptase Loop Mediated Isothermal Amplification) memberikan alternatif deteksi yang mudah, murah, sederhana dan memungkinkan untuk dapat diakses oleh semua fasilitas kesehatan di Indonesia. Metode ini hanya membutuhkan waktu kurang dari 60 menit untuk mendeteksi patogen maupun virus. Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui perbandingan uji RT-LAMP berbasis pocket PCR dengan pemanfaatan water bath dalam mendeteksi virus SARS-Cov-2, penyebab penyakit COVID-19 yang menjadi pandemi saat ini. Optimasi RT-LAMP dilakukan menggunakan dua alat, yaitu pocket PCR dan water bath. Parameter optimasi meliputi suhu dan waktu optimum untuk mendeteksi SARS-Cov-2. Sampel optimasi menggunakan kontrol positif, berupa plasmid yang telah terinsersi gen SARS-Cov-2, dan kontrol negatif. Hasil optimasi RT-LAMP pocket PCR menunjukkan bahwa suhu 650C dengan waktu 30 menit telah mampu menghasilkan pendaran pada sampel plasmid kontrol positif. Variasi konsentrasi plasmid kontrol positif yang digunakan, yaitu 1 ng, 0,1 ng dan 0,01 ng, di mana semua pendar muncul di ketiga konsentrasi tersebut. Meskipun demikian, hasil optimasi suhu dan waktu RT-LAMP tersebut apabila diaplikasikan menggunakan water bath belum menunjukkan hasil pendaran, sebagaimana pada pocket PCR. Oleh karena itu, tahapan proses optimasi RT-LAMP menggunakan water bath masih perlu dilanjutkan untuk menemukan suhu dan waktu optimum sehingga diperoleh hasil deteksi dengan sensitifitas yang tinggi.