PEMERIKSAAN PAJAK YANG (hampir selalu) MENIMBULKAN KONTROVERSI - Hanantha Bwoga (JURNAL INFORMASI, PERPAJAKAN, AKUNTANSI, DAN KEUANGAN PUBLIK, 2006)
Pemeriksaan pajak sebagai wujud pengawasan dan pembinaan oleh Fiskusterhadap tingkat kepatuhan Wajib Pajak akan kewajibannya, dalam banyak hal, dapat menimbulkan "sengketa pajak", yaitu segala sesuatu yang bermuara kepada penghitungan pajak yang seharusnya dibayar oleh Wajib Pajak.Perbedaan-perbedaan yang ada pada hakikatnya memang merupakan suatu yang(hampir) lazim terjadi setelah Wajib Pajak diperiksa, karena masing-masing pihak yang bersengketa, yaitu Wajib Pajak di satu pihak dan Fiskus di pihak yang lain, merujuk kepada prinsip yang berbeda, terutama dari perbedaan prinsip yang dianut oleh akuntansi komersial dan akuntansi fiskal. Di samping itu masih ada perbedaan-perbedaan yang menyebabkan timbulnya sengketa tadi, baik yang bersifat pemahaman atas peraturan perundangan maupun perbedaan yang bersifat “non teknis”. Sarana atau upaya untuk mengatasi perbedaan-perbedaan tersebut pada tingkat yang paling awal adalah dilakukannya berbagai penyesuaian (rekonsiliasi) terhadap perbedaan prinsip yang dianut dalam sistem akuntansi, yaitu yang semula menganut prinsip akuntansi komersial dikonversi ke prinsip akuntansi fiskal. Dalam hal sengketa dimaksud menjadi berlanjut, kesempatan memperoleh hak yang dituntut oleh Wajib Pajak, masih diapresiasi oleh peraturan perundang-undangan, melalui berbagai upaya hukum yang dimulai dari hak mengajukan keberatan, upaya banding dan bahkan sampai upaya peninjauan kembali ke Mahkamah Agung. Dengan demikian harapan untuk mencapai tingkat keadilan yang hakiki bagi kedua belah pihak yang bersengketa, dapat terwujud.