Studi Bioinformatik Identifikasi Epitop Sel-B Virus SARS-CoV-2 Varian B.1.1.529 terhadap Reseptor Imun TLR5 (Toll-like Receptor 5) dalam Perancangan Vaksin Berbasis Peptida - Annisaa Maryati Hasni; Dina Mulyanti; Diar Herawati (Bandung Conference Series: Pharmacy, 2022)
Abstract. COVID-19 disease caused by infection with the SARS-CoV-2 virus has caused 568,773,510 infected cases and 6,381,643 deaths worldwide (World Health Organization). One of the most effective measures to prevent the distribution of vaccination programs. Until now, many vaccines with various basics have been developed by researchers from around the world. One of the vaccines based on the Spike protein epitope peptide from the SARS-CoV-2 B.1.1.529 virus. This study used an in silico method that was carried out by searching for TLR5 receptors that play a role in increasing immune responses obtained from the Protein Data Bank website with the PDB code 3ULV and 3 peptide sequences of the Spike virus SARS-CoV-2 variant B.1.1.529, namely HVTYVPAQEKNFTTAP, SYQTQTKSHRARSVA and AGAALQIPFAMQMAYR obtained from scientific journals, peptide modeling using the PEP-FOLD3 website, preparation of structures on Biovia Discovery Studio 2021 and docking using Hpepdock. The results of the AGAALQIPFAMQMAYR peptide have the best affinity, so it can be used as one of the basic epitopes in the design of COVID-19 vaccines. Abstrak. Penyakit COVID-19 yang disebabkan oleh infeksi virus SARS-CoV-2 telah menyebabkan 568.773.510 kasus terinfeksi dan 6.381.643 kematian di seluruh dunia (World Health Organization). Salah satu langkah yang dianggap paling efektif untuk mencegah penularan yaitu vaksinasi. Hingga saat ini banyak vaksin dengan berbagai macam basis dikembangkan oleh peneliti dari berbagai dunia. Salah satu vaksin dengan basis peptida epitop protein Spike dari virus SARS-CoV-2 B.1.1.529. Penelitian ini menggunakan metode in silico yang dilakukan dengan pencarian TLR5 yang berperan dalam meningkatkan respon imun yang diperoleh dari dari website Protein Data Bank dengan kode PDB 3ULV serta 3 urutan peptida protein Spike virus SARS-CoV-2 varian B.1.1.529 yaitu HVTYVPAQEKNFTTAP, SYQTQTKSHRRARSVA dan AGAALQIPFAMQMAYR yang diperoleh dari dari jurnal ilmiah, pemodelan peptida menggunakan website PEP-FOLD3, preparasi struktur pada Biovia Discovery Studio 2021 dan dilakukan docking menggunakan Hpepdock. Hasil peptide AGAALQIPFAMQMAYR memiliki afinitas paling baik, sehingga dapat dijadikan salah satu basis epitop dalam perancangan vaksin COVID-19.