Optimasi dan Evaluasi Whole Genome Sequencing SARS CoV-2 Di Balai Laboratorium Kesehatan dan Pengujian Alat Kesehatan Provinsi Jawa Tengah - Hediningsih, Yekti; Nurhafid, Mohammad; Wahyuni, Endah; Hapsari, Dyah Ayu Kunti; Purnomo, Purnomo; Marwiyah, Marwiyah; Sulistiyanto, Hendrik; Farhati, Ismi; Handayani, Sekti; Peni, Wiwik (Health Information : Jurnal Penelitian, 2023)
SARS CoV-2 merupakan virus yang menyebar hampir keseluruh Negara di dunia termasuk Indonesia. Whole genome sequencing merupakan metode yang paling tepat digunakan untuk mendeteksi beberapa varian dan mutasi gen dari SARS CoV-2. Tujuan dari penelitian ini yaitu mengetahui dan evaluasi pengerjaan whole genome SARS CoV-2 berdasarkan nilai keberhasilan dan indikator sekuensing di Balai Laboratorium Kesehatan dan Pengujian Alat Kesehatan Provinsi Jawa Tengah. Metode survei digunakan dalam penelitian ini di mana sampel diambil dari beberapa daerah yaitu Jawa tengah, Jawa Barat, Banten dan Jakarta. Analisis keberhasilan didasarkan pada hasil fasta dari analisis Dragen COVID Lineage. Hasil penelitian menunjukan bahwa persentase keberhasilan dari empat batch pengerjaan menunjukkan bahwa dua batch terakhir mendapatkan persentase lebih tinggi dibandingkan dengan dua batch pertama. Primer pool artic yang digunakan yaitu versi V3 dan V4 diduga kuat sebagai faktor yang mempengaruhi keberhasilan tersebut di mana versi V4 menunjukkan performa yang lebih baik dan cocok digunakan dalam pengerjaan whole genome sequencing SARS CoV-2 di Balai Laboratorium Kesehatan dan Pengujian Alat Kesehatan Provinsi Jawa Tengah. Beberapa indikator digunakan sebagai penilaian standar evaluasi yaitu cluster density, passing filter dan Q30 yang disesuaikan dengan instrument yang digunakan.