Pemanfaatan Teknik Random Amplified Polymorphic DNA ( RAPD ) Untuk Pengelompokan Secara Genetik Plasma Nutfah Jambu Mete (Annacardium occidentale L.) - Randriani, Enny; Tresniawati, Cici; Syafaruddin, Syafaruddin (Jurnal Tanaman Industri dan Penyegar, 2012)
Budidaya jambu mete di Indonesia selama ini belum menggunakan varietas unggul sehingga mengakibatkan rendahnya produksi, yaitu sekitar 493 kg/ha/tahun. Peningkatan genetik terkendala oleh kurangnya informasi tentang variabilitas genetik jambu mete. Dalam merakit suatu varietas unggul diperlukan variabilitas genetik yang luas dari plasma nutfah yang tersedia. Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui tingkat kekerabatan dan keragaman genetik koleksi plasma nutfah jambu mete berdasarkan profil pita DNA menggunakan teknik RAPD. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Biologi Molekuler BB-Biogen, Bogor mulai bulan Mei-November 2010. Materi genetik yang digunakan adalah JN26, Oniki1, Oniki2, Oniki3, Kodi4, NDR31, Nigeria P9, Nigeria P2, JN7, Srilanka, Mojokerto, Pamotan, Karimun, Larantuka, BO2, SM9, JT21 dengan menggunakan 25 primer. Adapun kegiatannya meliputi pengumpulan materi koleksi plasma nutfah jambu mete (17 aksesi). Dilanjutkan kegiatan di Laboratorium dengan tahapan-tahapan kegiatan, seperti ekstraksi dan purifikasi DNA, loading dan running produk PCR dan analisis RAPD serta analisis data. Hasil penelitian menunjukkan dari dua puluh lima primer PCR-RAPD yang digunakan untuk mengamplifikasi sebanyak 17 sampel jambu mete, terdapat 24 primer yang memberikan pita DNA, 21 di antaranya polimorfisme dan tiga primer menunjukkan monomorfis. Hasil analisis kekerabatan 17 sampel jambu mete dengan program NTSys 2.1 menunjukkan bahwa terdapat variasi genetik yang cukup tinggi. Pada koefisien 88%, 17 jambu mete tersebut mengelompok menjadi lima, kelompok yang pertama terdiri dari delapan individu (Oniki1, Kodi4, JN26, NDR31, Srilanka, Mojokerto, Karimun, dan JT21), kelompok dua terdiri dari lima individu (Nigeria P9, B02, Nigeria P2, JN7, Pamotan), kelompok tiga terdiri dua individu (SM9, dan Larantuka), kelompok empatÂ  terdiri dari satu individu (Oniki3), dan kelompok lima terdiri dari satu individu (Oniki2). Use of Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Technique on grouping cashew (Anacardium occidentale L.) germplasmABSTRACT Many cashew plantations in Indonesia do not use superior variety. As a result, national cashew production is only 493 kg/ha/year. Genetic improvement is limited by the lack of information of genetic variability of germplasm. Wide genetic variability in cashew germplasms is necessary to produce superior variety. The purpose of this study was to evaluate the genetic variation and relationship of among cashew germplasms based on band pattern of DNA by using RAPD technique. The experiment was conducted at Molecular Biology Laboratory of BB-Biogen, Bogor since May till November 2009. Genetic materials used were JN26, Oniki1, Oniki2, Oniki3, Kodi4, NDR31, Nigeria P9, Nigeria P2, JN7, Srilanka, Mojokerto, Pamotan, Karimun, Larantuka, BO2, SM9, and JT21 by using 25 primers. The activity consisted of collecting of cashew germplasm (17 accessions), followed with laboratory activities such as: DNA extraction and purification, loading and running of PCR product, RAPD and data analysis. Results shows that 25 primers used were 24 primers shown DNA band pattern 21 of which there are polymorphism and 3 the monomorphism. Germplasm collection of cashew has wide variation. At 88% coefficient, 17 accessions of cashew were divided into five clusters. The first clusterÂ  consisted of 8 individuals (Oniki 1, Kodi4, JN26, NDR31, Srilanka, Mojokerto, Karimun, dan JT 21), the second cluster of five individuals (Nigeria P9, B02, Nigeria P2, JN7, Pamotan ), third cluster two individuals (SM9 and Larantuka), the fourth cluster of one individual (Oniki3) and the fifth cluster consisted of one individual (Oniki2). Â