Konstruksi Pustaka Metagenom Prokariot Dari Permukaan Eucheuma Cottonii Untuk Mencari Gen Penyandi Κ-Karaginase - Zahrotun Nafisah; Afaf Baktir; Zimon Pereiz (Jurnal Indonesia Sosial Teknologi, 2023)
κ-Karaginan adalah koloid hidrofilik yang diekstrak dari makroalga Eucheuma cottonii. κ-karaginan mempunyai berat molekul yang sangat besar sehingga pemanfaatannya terbatas. Namun, dalam bentuk Carrageenan Oligosaccharide (COs), κ-karaginan mempunyai aktivitas fisik dan biologi yang bervariasi, termasuk anti tumor, anti oksidan dan anti angiogenik. Enzim κ-karaginase berperan memutus ikatan β-(1,4) pada κ-karaginan untuk menghasilkan κ-COs (κ-carrageenan oligosaccharide). Ada berbagai macam bakteri yang hidup di permukaan Eucheuma cottonii, namun hanya ada 1% bakteri yang dapat dikultur. Metode alternatif untuk eksplorasi bakteri di alam adalah metode metagenomik. Dalam penelitian ini dilakukan eksplorasi gen κ-karaginase dari DNA metagenom prokariot yang menempel di permukaan Eucheuma cottonii. Konstruksi pustaka metagenom prokariot dilakukan terhadap kumpulan fragmen DNA hasil digesti dengan enzim restriksi SfiI. Kemudian fragmen DNA diligasi dengan fag λTriplEx2 dan dilakukan penentuan titer. Titer tertinggi didapatkan dari campuran ligasi dengan perbandingan DNA dan fag yaitu 3:2 sebesar 10,3 x 107. Kemudian plak positif diekspresikan melalui E.coli BM25,8 untuk mencari gen penyandi enzim κ-karaginase. Aktivitas positif enzim κ-karaginase ditandai dengan terbentuknya daerah halo. Kemudian klon rekombinan yang membentuk halo dikultivasi untuk produksi enzim κ-karaginase, dan diuji aktivitasnya untuk menentukan suhu dan pH optimum. Berdasarkan uji aktivitas ekstrak κ-karaginase terhadap suhu dan pH didapatkan 4 profil suhu dan pH optimum yang berbeda, dengan demikian telah didapatkan 4 macam gen penyandi enzim κ-karaginase.