Uji Aktivitas Penghambatan Dipeptidyl peptidase-4 (DPP-4) Senyawa dari Lima Tanaman Indonesia secara In-silico - Andri Prasetiyo; Shirly Kumala; Esti Mumpuni; Raymond R. Tjandrawinata; Lilik Sulastri (Jurnal Fitofarmaka Indonesia, 2023)
ABSTRAKTeknik komputasi virtual screening dapat digunakan untuk memprediksi dan menjelaskan aktivitas senyawa apa yang berperan dalam penghambatan DPP-4. Lima tanaman Indonesia seperti Caesalpinia sappan, Mutingia calabura, Rheum palmatum, Ficus religiosa dan Tinospora crispa telah terbukti memiliki aktivitas penghambat dipeptidyl-peptidase-4 (DPP-4) secara in-vitro akan tetapi belum ada penjelasan senyawa apa yang berperan terhadap aktivitas tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi dan menjelaskan senyawa-senyawa dari lima tanaman yang memiliki aktivitas penghambatan DPP-4 secara In-silico. Metode docking menggunakan perangkat lunak Molegro Virtual Docker dengan 16 protokol kombinasi pencarian algortima dan fungsi nilai. Sebelum Docking dilakukan validasi metode dengan cara redocking native ligand protein penghambat DPP-4 dengan kode PDB 3G0B, kemudian dilanjutkan docking secara bersamaan 151 senyawa dari lima tanaman Indonesia dan 1 ligan standar alogliptin dengan reseptor dipeptidy lpeptidase-4 (kode PDB: 3G0B) dengan metode docking yang valid. Hasil validasi metode menunjukkan 16 protokol kombinasi memberikan nilai RMSD < 1 Å. Hasil docking berdasarkan rerank score paling rendah dan kemiripan interaksi residu asam amino dibandingkan ligan standar Alogliptin menunjukkan tiga senyawa 6'-O-Lactoyl Borapetoside B (rerank score -99.78 kcal/mol) dan Borapoteside A (rerank score -98.76 kcal/mol) dari tanaman Tinospora crispa dan Rhaponticin (rerank score -99.37) dari tanaman Rheum Palmatum  sedangkan ligan standar Alogliptin memiliki rerank score -93.14 kcal/mol dengan interaksi residu asam amino Glu206, Glu206, Tyr547, Tyr632. Metode docking dengan mvd terbukti valid dan Physcion 8-gentiobioside, Luteolin 4'-metil eter 7-glukosida, 6'-O-Lactoyl borapetoside B, Rhaponticin dan Tinocrispol A diprediksi memiliki aktivitas penghambatan DPP-4.Kata Kunci: docking, penghambat DPP-4, Tinospora crispa, Rheum palmatum