Desain Primer dan Optimasi Suhu Annealing untuk Amplifikasi Gen RET - Aulia, Nurul (Biosel Biology Science and Education, 2023)
Gen RET merupakan gen yang terletak pada kromosom 10q11.2 dan pengkode reseptor tirosin kinase. Mutasi gen RET pada manusia telah dikaitkan dengan penyakit Hirschsprung dan anomali kongenital ginjal atau saluran kemih. RET merupakan salah satu gen yang menyebabkan penyakit Hirschsprung, setidaknya 20% dari semua kasus penyakit Hirschsprung disebabkan oleh mutasi gen RET. Mutasi dapat berupa mutasi nonsense, mutasi missense, delesi dan insersi. Mutasi pada suatu gen dapat dilacak dengan teknik sequencing. Primer merupakan salah satu komponen yang penting untuk dilakukannya sequencing dan suhu annealing yang optimum merupakan kunci keberhasilan dari penempelan primer terhadap gen target. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer dan menentukan suhu annealing yang optimal untuk mengamplifikasi gen RET. Primer didesain menggunakan Geneious Prime, yang kemudian dianalisis secara in silico berdasarkan kriteria primer yang baik. Optimasi suhu annealing yang dilakukan menggunakan gradient PCR. Hasil dari penelitian ini diperoleh primer yang dibuat menggunakan Geneious Prime menghasilkan primer terbaik yaitu primer forward 5’-AACACAGCGAGACTCCATCA-3’ dan reverse 5’-TGGCTACACGGACACTAAACC-3’ yang spesifik mengamplifikasi Gen RET. Suhu annealing yang optimum untuk kedua primer yaitu 53.2°C.