Studi Molecular Docking dan Prediksi ADME Senyawa Metabolit Sekunder Tumbuhan Obat Tradisional Gorontalo Terhadap Reseptor HER-2 Sebagai Antikanker Payudara - Ischak, Netty Ino; Musa, Weny J.A; Aman, La Ode; Alio, La; Kilo, Akram La; Saleh, Sri Deltalia (Jambura Journal of Chemistry, 2023)
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas dan interaksi senyawa uji dari 12 tumbuhan obat tradisional Gorontalo dengan reseptor HER-2 yang merupakan protein yang terkait dengan sel kanker payudara secara in silico melalui molecular docking. Molekul dengan hasil docking terbaik akan diprediksi menggunakan program Absobsi, Distribusi, Metabolisme, dan Eliminasi (ADME) menggunakan program SwissADME secara online. Hasil validasi situs ikatan dengan menerapkan protokol penambatan ulang (redocking) menunjukkan nilai Root Mean Square Deviation konformasi ligan standar (2-{2-[4-({5-chloro-6-[3-(trifluoromethyl)phenoxy]pyridine-3-yl}amino)-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-5yl]ethoxy}ethanol) menggunakan Autodock Tools dengan nilai energi bebas ikatan yang terbentuk sebesar -6,32 kkal/mol. Sedangkan nilai Root Mean Square Deviation ligan standar menggunakan Autodock Vina memiliki energi bebas ikatan sebesar -11,3 kkal/mol. Hasil energi bebas ikatan ligan uji Palmarumycin CP1 sebesar -9,2 kkal/mol. Interaksi residu aktif HER-2 pada Palmarumycin CP1 dengan kontribusi terbesar terdapat pada residu Tyr 735. Hasil prediksi ADME menunjukkan bahwa hanya ada lima senyawa yang termasuk aturan Lipinski Rule of Five yaitu senyawa Tembetarine, Palmarumycin CP1, Curcumin, Cepharadione A, dan Hexahydrocurcumin. Oleh karena itu, hasil ADME menunjukkan bahwa hanya ada satu senyawa yang memenuhi aturan Lipinski Rule of Five dan sesuai dengan hasil Molecular Docking yang memiliki energi bebas ikatan sebesar -9,2 kkal/mol adalah senyawa Palmarumycin CP1.