Multiple Alignment and Primer Design for Groups of Barnacle Organisms and Amphibalanus amphitrite as Biofouling Markers - Muhammad Farikh; Rahmad Wanizal Pastha; Rezeki Rival Alridho; Aura Zahra Nafisah; Bintang Fadhil Ramadhan; Afifatul Achyar (Bioscience, 2023)
Biota pengotor atau biofouling adalah organisme hidup yang menempel pada suatu substrat. Dampak yang ditimbulkan oleh aktivitas biofouling biota adalah oleh karena sifatnya yang korosif sehingga dapat menyebabkan kelumpuhan pada bangunan instalasi. Untuk memfasilitasi instalasi dan kestabilan biodiversitas, peneliti mencoba menghadirkan environmental DNA (e-DNA) sebagai sampel lingkungan tanpa membunuh dan mengisolasi suatu organisme tersebut dengan memanfaatkan sampel lingkungan. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh primer universal dan spesifik dari COX1 yang dapat digunakan untuk mengidentifikasi biofouling kelompok Barnacle yang dirancang secara in silico. Sekuen organisme target yang digunakan dalam penelitian ini adalah DNA mitokondria dari Amphibalanus amphitrite, Amphibalanus reticulatus dan Semibalanus balanoides dengan nomor aksesi NC_024525, NC_071896 dan NC_039849.. Sekuen gen COX1 yang diperoleh disimpan dalam format FASTA untuk digunakan lebih lanjut di dalam proses desain primer menggunakan Geneious Prime. Penentuan daerah lestari ditentukan dengan Geneious Prime dalam tahapan multiple alignment. Sekuen dengan kriteria primer spesifik terbaik untuk COX1 A.amphitrite didapatkan dengan panjang 20-22 basa dan ukuran amplikon 910 bp. Urutan basa primer foward dan reverse adalah 5'-GAGCTGAACTTGGTCAACCG-3' dan 5'-GCTCAAAGAAGAGGAGGGCTAT-3'. Sekuen dengan kriteria primer universal kelompok barnacle terbaik untuk COX1 didapatkan dengan panjang masing-masing 24 basa dan ukuran amplikon 1.270 bp. Urutan basa primer foward dan reverse adalah 5'-GACTTCTACCGTTAATGTTAGGAG-3''dan 5'-CTATGGTAATGAGGAGGAGTAGTG-3'. Hasil desain memenuhi syarat kriteria primer yang baik sehingga kandidat primer hasil desain dapat digunakan untuk proses PCR.