DETECTION OF PHYTOPLASMAS ASSOCIATED WITH KALIMANTAN WILT DISEASE OF COCONUT BY THE POLYMERASE CHAIN REACTION - J.S. WAROKKA J.S. WAROKKA; P. JONES P. JONES; M.J. DICKINSON M.J. DICKINSON (Jurnal Penelitian Tanaman Industri, 2006)
ABSTRACTCoconut is the second Indonesia’s most important social commodityafter rice. There are more than 3.6 million hectares of coconut plantationsin Indonesia equivalent to one third of the total world coconut area.However, the production and productivity of the coconut are very low andunstable for various reasons, including pests and diseases. Kalimantan wilt(KW) disease causes extensive damage to coconut plantation. In previousinvestigations, bacteria, fungi, viruses, viroids and soil-borne pathogenssuch as nematodes were tested, but none of them were consistentlyassociated with the disease. The objective of this research was to detectand diagnose the phytoplasma associating with KW. Two DNA extractionmethods, namely a modification of CTAB method involving grindingcoconut trunk tissue in pre-warmed CTAB instead of liquid nitrogen, and asmall scale DNA extraction method, were used to prepare DNA fromcoconut trunk tissues. Research results showed that both methods werefound equally suitable for preparing DNA from coconut trunk tissues forPCR analysis. The phytoplasmas aetiology of KW has been proved by thenested PCR approach using P1/P7 and R16F2n/R16R2 primercombinations. The study has further demonstrated that the nested PCRapproach can be employed to effectively detect the presence ofphytoplasma both in infected and in symptomless coconut trunk tissues.Phytoplasma DNA was amplified from 95 out of 116 samples (81.9%).Based on source of samples, phytoplasma DNA was amplified from KWinfected and symptomless samples, 95.1% and 67.3% respectively. Thisstudy confirmed that KW is caused by phytoplasma.Key words : Coconut, Cocos nucifera L., plant disease, Kalimantan wiltdisease, phytoplasma, polymerase chain reaction, CentralKalimantanABSTRAKDeteksi phytoplasma yang berasosiasi dengan penyakitlayu Kalimantan pada kelapa dengan reaksi rantaipolymeraseKelapa merupakan komoditi sosial kedua setelah padi di Indonesiadengan luasan areal lebih dari 3.6 juta ha pertanaman, ekuivalen dengansepertiga luas kelapa dunia, hal ini menjadikan Indonesia sebagai negaraprodusen kelapa terluas di dunia. Sekarang ini produksi dan produktivitaskelapa sangat rendah dan tidak stabil yang disebabkan oleh berbagai alasantermasuk serangan hama dan penyakit. Penyakit layu Kalimantan telahmengakibatkan kerugian yang besar pada pertanaman kelapa. Penelitiansebelumnya untuk mengetahui penyebab penyakit dilakukan denganmenguji bakteri, cendawan, virus, viroid dan patogen tanah sepertinematoda tetapi tidak ada yang secara konsisten berasosiasi denganpenyakit layu Kalimantan. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi danmendiagnosa phytoplasma sebagai penyebab penyakit yang berasosiasidengan layu Kalimantan. Penelitian ini menggunakan dua metode untukmengekstraksi DNA yaitu metode CTAB yang biasanya menggunakannitrogen cair dimodifikasi dengan menghancurkan sampel tanaman padaCTAB yang dipanaskan, dan metode skala kecil. Hasil penelitianmenunjukkan bahwa kedua metode yang digunakan menghasilkan DNAyang sama baiknya untuk analisis PCR. Teknik nested PCR menggunakankombinasi primer P1/P7 dan R16F2n/R16R2 dapat membuktikan bahwapenyebab penyakit layu Kalimantan adalah phytoplasma. Teknik ini jugasecara efektif dapat mendeteksi phytoplasma dalam jaringan tanamankelapa yang sudah terinfeksi maupun yang belum menunjukkan gejalapenyakit. DNA phytoplasma dapat dideteksi pada 95 sampel dari 116sampel (81.9%) yang dianalisis. Berdasarkan jenis sample yang diperiksaternyata phytoplasma dapat dideteksi pada sample yang terinfeksi maupunyang belum menunjukkan gejala penyakit masing-masing 95.1% dan67.3%. Hasil penelitian ini mengkonfirmasi bahwa penyakit layuKalimantan disebabkan oleh phytoplasma.Kata kunci: Kelapa, Cocos nucifera L., penyakit tanaman, penyakit layuKalimantan,  phytoplasma,  reaksi  rantai  polymerase,Kalimantan Tengah