Deteksi Viral Nervous Necrosis (VNN) pada Ikan Kakap Putih (L. calcarifer) dengan Metode RT-qPCR - Lili Suharli; Joko Santosa; wati, Nadiya (BIOMARAS : Journal of Life Science and Technology, 2024)
Ikan kakap putih merupakan salah satu komoditas unggulan karena memiliki pertumbuhan yang cepat. Dalam budidaya ikan kakap putih, tidak terlepas dari berbagai permasalahan yaitu adanya serangan penyakit seperti VNN (Viral Nervous Necrosis). Virus VNN dapat menyerang sistem saraf pusat, retina mata, serta organ reproduksi. Gejala umum penyakit ini yaitu nafsu makan menurun sehingga menyebabkan ikan sangat lemah, warna tubuh pucat, berenang tidak beraturan, serta menghentakkan kepala ke permukaan air secara sporadik. Untuk mengatasi penyakit tersebut dapat dilakukan dengan cara diagnosa dini dengan metode RT-qPCR (Reverse Transcription-quantitative Polymerase Chain Reaction). Virus yang menyerang ikan kakap putih dalam jumlah sedikit atau belum menimbulkan gejala penyakit dapat dilacak sejak dini, karena RNA virus yang jumlahnya sedikit dapat digandakan dengan PCR. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi VNN pada ikan kakap putih dengan metode RT-qPCR. Metode yang digunakan meliputi pengambilan otak dari organ target, ekstraksi RNA, dan amplifikasi RNA. Amplifikasi RNA memiliki beberapa tahapan yaitu denaturasi, anneling, dan ekstention. Hasil menunjukkan bahwa ikan kakap putih tidak berhasil didiagnosa terinveksi VNN, sebab kontrol negatif yang digunakan tidak valid. Hal ini dikarenakan mix reagen kontrol negatif terkontaminasi sehingga melewati batas threshold.