Pengembangan Marka SNAP Berbasis Resistance Gene Analogue Pada Tanaman Pisang (Musa spp.) - Sutanto, Agus; Hermanto, Catur; Sukma, Dewi; Sudarsono, Sudarsono (Jurnal Hortikultura, 2013)
Pengembangan kultivar pisang tahan penyakit secara konvensional menghadapi kendala utama, yaitu lamanya waktu yang diperlukan untuk seleksi dan evaluasi tanaman hasil persilangan. Oleh karena itu dilakukan pendekatan bioteknologi melalui pengembangan marka molekuler untuk mempercepat capaian program pemuliaan. Tujuan penelitian ialah mengembangkan marka SNAP untuk seleksi ketahanan tanaman pisang terhadap penyakit berdasarkan substitusi basa nukleotida atau single nucleotide polymorphism (SNP) pada fragmen resistance gene analogue (RGA) asal tanaman pisang (MNBS). Kegiatan penelitian dilaksanakan di Laboratorium Biologi Molekular Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor, mulai Bulan Juli sampai November 2012. Penelitian menggunakan sembilan sekuen MNBS yang terdeposit pada bank data NCBI untuk mendisain primer SNAP yang diperlukan. Dari 30 posisi SNP yang ada pada fragmen MNBS, terdapat 19 posisi SNP yang menyebabkan perubahan asam amino yang disandikan. Delapan posisi SNP di antaranya dapat digunakan untuk pengembangan marka SNAP. Dengan menggunakan perangkat lunak WebSNAPER, primer SNAP berhasil didisain dari delapan posisi SNP. Namun satu posisi SNP menghasilkan seperangkat primer yang tidak layak pakai. Dari 64 alternatif primer SNAP yang dihasilkan berhasil dipilih 14 pasang primer SNAP. Sepuluh dari 14 pasang primer terpilih, dihasilkan dari posisi SNP1, SNP2, SNP4, SNP5, dan SNP6. Sepuluh pasang primer SNAP terpilih juga telah diuji dan berhasil mengamplifikasi marka SNAP menggunakan DNA genom pisang cv. Klutuk Wulung dan Barangan. Sepuluh pasang primer SNAP tersebut berpotensi untuk digunakan sebagai marka ketahanan terhadap penyakit padatanaman pisang secara umum.