Desain Primer Gen dapD dari Bakteri Escherichia coli untuk Seleksi Bebas Antibiotik: Primer Design of dapD Gene from the Escherichia coli for Selection of Antibiotic-Free - Bahar, Zulhaerana (Jurnal Sains dan Kesehatan, 2024)
The dapD gene codes for the DapD enzyme, which plays a role in the lysine biosynthesis pathway, where deletion and mutation of this gene is lethal for bacteria, so it can be used for an antibiotic-free selection system. This research aims to design primers for the dapD gene that can amplify this gene in Escherichia coli for detection and confirmation in developing an antibiotic-free transformant selection system. Primer design was carried out in silico using the NCBI Primer Blast program. The dapD gene sequence was obtained from NCBI GenBank (NC_002695.2). This research has succeeded in obtaining the sequence of a pair of primers (forward and reverse) with a length of 20 oligonucleotides each; Tm of forward primer 59.97°C and reverse primer 59.83°C; %GC 50; dimer at the 3' end of forward primer 0 and reverse primer 2; and self-complementary 4. The dapD gene with a size of ± 800 bp was successfully amplified using the PCR technique and confirmed using 1% agarose electrophoresis. Keywords:          primer, PCR, dapD, Escherichia coli, antibiotic-free selection system   Abstrak Gen dapD mengkode enzim DapD yang berperan pada jalur biosintesis lisin, dimana delesi dan mutasi dari gen ini bersifat letal bagi bakteri sehingga dapat digunakan untuk sistem seleksi bebas antibiotik. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer gen dapD yang dapat digunakan untuk mengamplifikasi gen tersebut pada Escherichia coli sehingga dapat digunakan untuk deteksi dan konfirmasi pada pengembangan sistem seleksi transforman bebas antibiotik. Desain primer dilakukan secara in silico menggunakan program NCBI Primer Blast. Sekuens gen dapD diperoleh dari GenBank NCBI (NC_002695.2). Penelitian ini telah berhasil memperoleh sekuen sepasang primer (forward dan reverse) dengan panjang masing-masing adalah 20 oligonukleotida; Tm primer forward 59,97°C dan primer reverse 59,83°C; %GC 50; dimer pada ujung 3’ primer forward 0 dan primer reverse 2; dan self-complementary 4. Gen dapD dengan ukuran ± 800 pb berhasil diamplifikasi pada teknik PCR dan dikonfirmasi menggunakan elektroforesis agarosa 1%. Kata Kunci:         primer, PCR, dapD, Escherichia coli, sistem seleksi bebas antibiotik