MODIFIKASI Y220C PADA RESIDU 220 OLEH ADDUCT PRIMA-SISTEIN MERESTORASI Y220C PADA RESIDU 120 - C, Angeline Prita; Wibowo, Fajar Rakhman (Indonesian Journal of Chemical Science, 2014)
Mutasi tirosin pada residu 220 menjadi sistein (Y220C) dapat menginduksi cavity pada residu 220 sebagai pusatnya. Mutasi ini dapat menurunkan kestabilan termal dan menyebabkan adanya sedikit perubahan pada bagian kontak DNA. p53 reactivation and induction of massive apoptosis-1 (PRIMA-1) terbukti dapat mereaktivasi p53, namun mekanisme dan target residunya belum cukup jelas. Fakta eksperimen menunjukkan PRIMA-1 dapat modifikasi sistein dengan membentuk adduct. Penelitian ini ditujukan untuk mengamati efek dinamis modifikasi sistein menggunakan PRIMA-1, yang disebut adduct PRIMA-sistein pada residu 220 untuk mereaktivasi p53. Modifikasi Y220C dilakukan dengan memaksa adduct PRIMA-sistein masuk ke dalam cavity yang berukuran lebih kecil dibanding struktur adduct tersebut. Pengamatan stabilitas pada level molekuler dilakukan dengan cara simulasi dinamika molekuler (DM). Trajektori-Trajektori yang dihasilkan simulasi dinamika molekul selama 100ns menunjukkan perubahanÂ  dinamika karena adanya modifikasi Y220C pada residu nomor 220. Data Backbone B-factor dan order parameter menunjukkan bahwaÂ  adanya modifikasi Y220C sebagian mampu menyerupai wild type pada residu 120 yang merupakan daerah yang berfungsi untuk interaksi dengan DNA. Selain itu, pada residu 155 yang berinteraksi langsung dengan residu 220 juga terdapat peningkatan fleksibilitas residu 155 setelah adanya modifikasi Y220C.