Analisis Pigmen Karotenoid dan Uji Aktivitas Antibakteri Serta Karakterisasi Daerah Penanda ITS dari Nannochloropsis oculata - Herida, Azalia Puspa; Kusumaningrum, Hermin Pancasakti; Kusdiyantini, Endang (Berkala Bioteknologi, 2020)
Nannochloropsis oculata merupakan mikroalga yang umum digunakan pada pakan tambahan budidaya hewan laut. Mikroalga N. oculata mampu menghasilkan pigmen karotenoid salah satunya β-karoten berfungsi sebagai antioksidan serta senyawa bioaktif yang berpotensi sebagai agen antibakteri. Penamaan mikroalga N. oculata dari Gondol Bali hanya dilakukan berdasarkan pengamatan mikrobiologis, karakterisasi biokimia, dan ekofisiologis tetapi belum dianalisis hingga tingkat molekuler. Identifikasi molekuler mikroalga dapat dilakukan pada daerah penanda ITS (Internal Transcribed Spacer) hingga di tingkat spesies. Tujuan penelitian yaitu, menganalisis kandungan pigmen karotenoid berupa β-karoten, menguji kemampuan N. oculata sebagai agen antibakteri, serta karakterisasi molekuler N. oculata menggunakan daerah penanda ITS. Metode penelitian ini meliputi kultivasi mikroalga, analisis pigmen β-karoten, uji antibakteri kultur N. oculata, isolasi DNA menggunakan metode Doyle & Doyle, amplifikasi daerah ITS menggunakan primer ITS 4 dan ITS 5, sekuensing DNA hasil amplifikasi, analisis filogenetik melalui program BLAST, Clustal X, NJ Plot, dan MEGA 6. Hasil penelitian diketahui bahwa analisis pigmen β-karoten mengalami peningkatan kadar β-karoten selama masa kultur dan menurun pada fase stasioner. Kadar β-karoten tertinggi sebesar 0,08 µg/mL. Kultur N. oculata mampu menghambat pertumbuhan bakteri uji dengan kategori hambat sedang terhadap bakteri Gram negatif Eschericia coli dan Gram positif Staphylococcus aureus. Amplifikasi daerah penanda ITS menggunakan metode PCR menghasilkan sekuens sebesar 985 bp. Hasil BLAST menunjukkan N. oculata memiliki kemiripan sekuen sebesar 99,43% dengan N. oceanica. Penelitian ini disimpulkan bahwa N. oculata memiliki pigmen β-karoten yang dihasilkan selama masa pertumbuhan mikroalga. Kultur N. oculata yang mampu menghambat pertumbuhan bakteri uji dengan semakin banyak volume yang diberikan daya hambat yang dihasilkan semakin besar. N. oculata berdasarkan pohon filogenetik berkerabat dekat dengan sekuen referensi N. oceanica strain IMP-BG-006.