DESAIN IN SILICO sgRNA CRISPR-CAS9 DARI ORTOLOG GEN AT1G61870 UNTUK STUDI RESPON GEN RESISTENSI PADA KOPI DI NUSA TENGGARA BARAT TERHADAP SERANGAN HAMA - Putra, Kurniawan Eka; Elviantari, Adelia (Jurnal TAMBORA, 2025)
þ Info Artikel: Diterima: 5 Juli 2025 Revisi: 13 Maret 2023 Disetujui: 27 Maret 2023 Dipublikasi: 27 Maret 2023 & Keyword/Kata Kunci: Kopi Robusta, Hama, CRISPR-Cas9, sgRNA, Cc09g01890, AT1G61870, resistensi, Pentatricopeptide Repeat Proteins (PPR) * Penulis Korespondensi: Kurniawan Eka Putra Program Studi Bioteknologi, Fakultas Ilmu dan teknologi Hayati, Universitas Teknologi Sumbawa, Sumbawa, Indonesia, 84371 Email: kurniawan.eka.putra@uts.ac.id ABSTRAK. Tanaman kopi robusta (Coffea canephora) merupakan komoditas penting di Provinsi Nusa Tenggara Barat (NTB). Namun, produktivitas dan mutu kopi NTB belum optimal, bahkan mengalami penurunan, yang sebagian besar disebabkan oleh serangan hama. Salah satu solusi untuk mengatasi permasalahan ini adalah melalui pengembangan varietas kopi yang tahan hama menggunakan pendekatan molecular breeding. Dalam hal ini, gen yang berpotensi terlibat dalam mekanisme resistensi terhadap hama, seperti famili gen Pentatricopeptide repeat proteins (PPR), menjadi fokus utama untuk dipelajari. Untuk memahami fungsi gen tersebut, pendekatan knock-out gen menggunakan teknologi CRISPR-Cas9 dapat dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk merancang single-guide RNA (sgRNA) secara in silico yang spesifik terhadap gen Cc09g01890, ortholog dari gen AT1G61870, sebagai langkah awal dalam knock-out gen untuk memahami perannya dalam ketahanan kopi terhadap hama. Prosedur penelitian yaitu desain single-guide RNA (sgRNA) dilakukan menggunakan website CHOPCHOP dan Benchling. Pada CHOPCHOP, gen Coffea canephora dianalisis menggunakan mode CRISPR-Cas9 untuk tujuan knock-out. Sementara itu, Benchling digunakan untuk mendesain sgRNA dengan memasukkan gen Cc09g01890. Daftar sgRNA yang dihasilkan kemudian diverifikasi dengan BLAST untuk memastikan kesesuaian target pada genom C. canephora. Gen Pentatricopeptide Repeat Proteins (PPR) diketahui berperan dalam respons tumbuhan terhadap stres biotik dan abiotik, termasuk pada kopi robusta. Penelitian ini merancang enam kandidat sgRNA untuk gen Cc09g01890 guna mengarahkan sistem CRISPR-Cas9 dalam proses knock-out. Pemilihan sgRNA didasarkan pada spesifisitas, efisiensi, dan lokasi penempelan pada DNA. Hasil BLAST menunjukkan bahwa semua sgRNA bersifat spesifik terhadap gen target, sehingga dapat langsung digunakan untuk mengevaluasi peran gen ini dalam mekanisme pertahanan kopi terhadap serangan hama.