DESAIN PRIMER UNTUK DETEKSI GEN MATURASE K DAN RBCL PADA TANAMAN DIOSCOREA PENTAPHYLLA BERBASIS APLIKASI SNAPGENE - Zubaidi Bachtiar (Journal of Innovation Research and Knowledge, 2025)
Dioscorea pentaphylla merupakan tanaman umbi tropis yang memiliki nilai penting sebagai sumber pangan dan obat tradisional. Penelitian ini bertujuan untuk merancang primer PCR secara in silico untuk gen yang relevan dengan identifikasi taksonomi dan fungsi biologis tanaman ini, yaitu matK dan rbcL. Perancangan dilakukan menggunakan perangkat lunak SnapGene dengan parameter standar primer, seperti panjang 18–24 basa, kandungan GC 40–60%, dan suhu leleh (Tm) optimal sekitar 50–60°C. Data sekuens gen diperoleh dari GenBank, kemudian dianalisis dan divisualisasikan untuk menentukan posisi optimal primer. Hasil simulasi PCR menunjukkan bahwa semua primer mampu menghasilkan fragmen DNA yang spesifik dan stabil, sehingga layak digunakan dalam analisis molekuler, studi filogenetik, dan aplikasi bioteknologi seperti pengembangan biofertilizer berbasis mikroba rizosfer. Meskipun demikian, keterbatasan data sekuens lengkap dan belum dilakukannya validasi in vitro menjadi kendala utama yang perlu diperhatikan dalam penelitian lanjutan. Studi ini memberikan dasar awal yang kuat untuk pengembangan teknik molekuler pada D. pentaphylla dalam konteks pertanian berkelanjutan dan pemuliaan tanaman berbasis genetik.