Studi In Silico Molecular Docking Senyawa Turunan Fenolik dan Terpenoid Kunyit Putih (Curcuma zedoaria) terhadap Protein 5MMN (pdb_00005mmn) sebagai Inhibitor DNA Gyrase Subunit B Escherichia coli Penyebab Diare - Prasetyoningrum, Pinasti; Nainggolan, Yolanda Petra; Dewi, Intan Azkya; Hanifa, Milla; Pramudya, Siti Alifia; Nurnahari, Naura; Auli, Winni Nur (Jurnal Penelitian Sains, 2025)
Penelitian ini bertujuan mengevaluasi potensi senyawa turunan fenolik dan terpenoid dari kunyit putih (Curcuma zedoaria) sebagai inhibitor protein DNA gyrase subunit B (5MMN) dari bakteri Escherichia coli penyebab diare dengan metode in silico molecular docking. Tujuh senyawa bioaktif, yaitu bisdesmethoxycurcumin, curcumadiol, curcumin, curdione, curzerenone, demethoxycurcumin, dan epicurzerenone, dipilih berdasarkan pemenuhan kriteria Lipinski’s Rule of Five yang menunjukkan potensi sebagai calon obat oral. Preparasi target protein dan ligan dilakukan dengan perangkat lunak AutoDockTools, Avogadro, dan BIOVIA Discovery Studio Visualizer, dan validasi metode docking diperoleh nilai RMSD 1,98 Å menunjukkan validitas metode yang digunakan. Akan tetapi, hasil docking menunjukkan bahwa bisdesmethoxycurcumin memiliki afinitas pengikatan terendah terhadap target protein (-6,80 kkal/mol), diikuti curcumadiol, demethoxycurcumin, dan curcumin. Dominan interaksi antara ligan dan protein melibatkan residu asam amino Asn46, Asp73, Glu50, dan Thr165 melalui ikatan hidrogen dan van der Waals, yang berperan utama dalam menstabilkan kompleks ligan-protein. Penelitian ini menunjukkan bahwa senyawa fenolik dan terpenoid dari Curcuma zedoaria berpotensi sebagai inhibitor DNA gyrase subunit B E. coli dan bisa dikembangkan kedepannya menjadi kandidat obat antidiare berbasis bahan alam.