Pemanfaatan DNA Barcoding untuk Identifikasi Spesies Bivalvia di Ekosistem Mangrove Desa Tapak, Kota Semarang - Yustina, Nurul; Rudolf Muskananfola, Max; Ayuningrum, Diah; Febrianto, Sigit (Buletin Oseanografi Marina, 2025)
Ekosistem mangrove berada pada wilayah intertidal yang memiliki interaksi dinamis antara perairan laut, payau, sungai dan terestrial. Fungsi ekologis ekosistem mangrove sebagai pelindung pantai dari erosi, feeding ground, nursery ground, dan spawning ground bagi biota perairan. Biota yang beragam termasuk moluska kelas bivalvia banyak ditemui di daerah mangrove. Identifikasi spesies bivalvia secara molekuler di kawasan mangrove penting dilakukan untuk mengetahui spesies-spesies bivalvia yang ditemukan secara akurat. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui spesies bivalvia di lokasi penelitian dan mengetahui hubungan filogenetik spesies yang telah ditemukan melalui analisis pohon filogenetik. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah deskriptif kuantitatif dengan metode pengambilan sampel purposive sampling. Penelitian ini berlangsung pada bulan September – Desember 2023. Penanda genetik yang digunakan dalam penelitian ini adalah gen Cytochrome Oxydase I (COI) dengan penyejajaran sekuens DNA menggunakan metode maximum likelihood. Analisis filogenetik berbasis algoritma neighbor joining (NJ) 1000 bootstrap pada software MEGA XI. Hasil data sequencing kemudian dianalisis menggunakan BLAST dan menunjukkan sampel BM1 memiliki kemiripan sebanyak 99% dengan spesies Donax incarnatus sedangkan 99,85% pasa sampel BM2 dengan dengan spesies Perna viridis. Hasil analisis filogenetik menunjukkan kladogram kedua spesies ini terdapat pada klade yang berbeda. Klade I terdiri dari sampel BM1 beserta 4 spesies pembanding lainnya yaitu Donax incarnatus, Donax obesulus, Donax deltoides, dan Donax faba. Klade II terdiri dari sampel BM2 beserta 4 spesies pembanding lainnya yaitu Perna viridis, Perna canaliculus, Perna perna, dan Perna Picta.