Analisis Filogenetik Ayam-Hutan Merah (Gallus gallus) Asal Sumatra Menggunakan Fragmen D-loop Mitokondria - Jarulis; Hery Haryanto; Muhammad Aldiansyah Karisma; Santi Nurul Kamilah (Konservasi Hayati, 2025)
Populasi ayam hutan merah (Gallus gallus) di habitat alaminya mengalami penurunan yang cukup tajam. Fakta ini disebabkan oleh hilangnya hutan sebagai habitat spesies tersebut. Penelitian ini dilakukan untuk menjelaskan komposisi nukleotida, situs nukleotida spesifik, jarak genetik, dan status filogenetik ayam hutan merah berdasarkan Fragmen D-loop DNA Mitokondria. Sampel darah diambil dari 20 individu ayam hutan merah dari Provinsi Bengkulu dan Sumatera Selatan pada periode Mei hingga November 2022. Isolasi DNA total dilakukan menggunakan Kit Protokol Spin-Column dari Qiagen. Replikasi DNA menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan primer spesifik. Hasil penelitian kami menunjukkan adanya pasangan basa nukleotida AT (65,76%) yang lebih tinggi dibandingkan GC (34,24%), dan hanya ditemukan satu situs nukleotida spesifik dari panjang sekuen nukleotida 478 bp yang dianalisis. Komposisi nukleotida relatif homogen antar individu, menandakan rendahnya divergensi mitokondria. Rata-rata jarak genetik intraspesies sangat rendah yaitu 0,1%, yang mengindikasikan homogenitas genetik populasi. Pohon filogenetik memperlihatkan satu clade monofiletik yang kuat untuk seluruh sampel G. gallus Sumatra, dengan nilai bootstrap 63 - 87%, serta pemisahan yang jelas dari outgroup. Rendahnya variasi genetik ini diduga terkait dengan isolasi populasi, ukuran populasi efektif kecil, serta tekanan ekologis akibat fragmentasi habitat. Temuan ini menegaskan bahwa populasi ayam hutan merah liar di Bengkulu dan Sumatra Selatan merupakan unit genetik penting yang perlu diprioritaskan dalam upaya konservasi dan pengelolaan plasma nutfah unggas lokal.