DESAIN PRIMER DAN PEMURNIAN GANDA UNTUK DETEKSI PCR GEN 16S rRNA PADA ESCHERICHIA COLI - Putra, Deivan; Iswara, Arya; Hanifah, Qolaima; Natasya, Diffa; Putri, Agistha (Jurnal Wiyata Penelitian Sains dan Kesehatan, 2025)
Latar Belakang: Deteksi dan identifikasi Escherichia coli yang akurat sangat penting dalam penelitian mikrobiologi dan diagnostik. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk merancang dan memvalidasi primer spesifik untuk gen 16S rRNA pada Escherichia coli menggunakan NCBI Primer Blast serta mengevaluasi efektivitas pemurnian ganda. Metode: Primer Pair 2 (Forward:5’-CCTTAGGGCCTCTTGCCATC-3’,Reverse:5’-GAGCGTCAGTCTTCGTCCAG-3’) dipilih berdasarkan panjang oligonukleotida, Tm, kandungan GC, posisi target, dimer ujung 3’, dan self-complementarity. Pemurnian ganda diterapkan untuk memperoleh DNA berkualitas tinggi guna memastikan amplifikasi PCR yang optimal. Hasil: PCR menghasilkan produk 553 bp yang dikonfirmasi dengan elektroforesis gel agarosa 2%. Pseudomonas aeruginosa sebagai kontrol tidak menunjukkan amplifikasi, mengonfirmasi spesifisitas Primer Pair 2. Kesimpulan: Primer Pair 2 efektif untuk amplifikasi spesifik gen 16S rRNA Escherichia coli, sehingga direkomendasikan untuk meningkatkan spesifisitas dan akurasi deteksi dalam penelitian selanjutnya.