PEMANFAATAN PENANDA trnL-F DALAM ANALISIS MOLEKULER UNTUK IDENTIFIKASI TUMBUHAN LANGKA SECARA IN SILICO - Kocha, Santana; Hidayat, Topik; Hernawati, Hernawati (BIOTIKA Jurnal Ilmiah Biologi, 2025)
Penelitian ini bertujuan mengembangkan primer diagnostik berbasis penanda trnL-F secara in silico untuk mendeteksi tumbuhan langka. Biodiversitas mencakup variasi kehidupan di bumi, dari gen, spesies, hingga ekosistem. Semakin tinggi keanekaragaman hayati, semakin stabil dan produktif suatu ekosistem. Selain itu, variasi genetik membantu organisme beradaptasi terhadap perubahan lingkungan dan iklim. Menurut IUCN, lebih dari 40% spesies tumbuhan di dunia terancam punah akibat perubahan iklim, ketidakstabilan genom, deforestasi, dan aktivitas manusia. Gangguan ini dapat merusak fungsi gen penting dan mengurangi kemampuan adaptasi, membuat tumbuhan langka semakin rentan terhadap kepunahan. Maka dari itu upaya konservasi sangat dibutuhkan, namun identifikasi dan karakterisasi tumbuhan langka masih menjadi tantangan karena metode tradisional karena sering kurang akurat. Kelemahan penanda morfologi mendorong penggunaan penanda molekuler DNA. DNA barcode berbasis trnL-F memungkinkan identifikasi in silico secara cepat, akurat, dan non-destruktif. Teknik in silico PCR juga memungkinkan perancangan eksperimen secara efisien, murah, dan tanpa laboratorium. Sebanyak 30 sekuens DNA tumbuhan langka dari data IUCN dianalisis menggunakan perangkat lunak ClustalX, BioEdit, dan FastPCR. Hasil analisis ini dihasilkan 12 kandidat primer (6 forward dan 6 reverse). Uji in silico PCR terhadap 12 spesies langka menunjukkan satu pasangan primer terbaik, yaitu forward (1:F_255–277) dan reverse (1:R_355–375). Uji efektivitas terhadap 12 spesies non-langka menunjukkan spesifisitas 100% dengan hasil PCR negatif. Berdasarkan hal tersebut dapat diartikan bahwa temuan ini menunjukkan pasangan primer tersebut sangat potensial untuk deteksi dan konservasi tumbuhan langka secara efisien dan akurat.